[日本語] English
- PDB-6i3y: Crystal structure of the human mitochondrial PRELID1K58V-TRIAP1 c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i3y
タイトルCrystal structure of the human mitochondrial PRELID1K58V-TRIAP1 complex with PS
要素
  • PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
  • TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
キーワードLIPID TRANSPORT / Mitochondrial lipid transport / Complex / Phosphatidylserine bound / PA transport / Apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane lipid distribution / positive regulation of phospholipid transport / positive regulation of endopeptidase activity / positive regulation of cellular respiration / intermembrane lipid transfer / phospholipid transport / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of T cell differentiation / phospholipid translocation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator ...regulation of membrane lipid distribution / positive regulation of phospholipid transport / positive regulation of endopeptidase activity / positive regulation of cellular respiration / intermembrane lipid transfer / phospholipid transport / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of T cell differentiation / phospholipid translocation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / negative regulation of mitochondrial membrane potential / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitochondrial membrane potential / Mitochondrial protein degradation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / mitochondrial intermembrane space / cellular response to UV / p53 binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PRELI/MSF1 domain / Slowmo/Ups family / PRELI-like family / PRELI/MSF1 domain profile. / Mitochondrial distribution/morphology family 35/apoptosis / Uncharacterised protein family (UPF0203) / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P5S / TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1 / PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Miliara, X. / Berry, J.-L. / Morgan, R.M.L. / Matthews, S.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M019403/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: Structural determinants of lipid specificity within Ups/PRELI lipid transfer proteins.
著者: Miliara, X. / Tatsuta, T. / Berry, J.L. / Rouse, S.L. / Solak, K. / Chorev, D.S. / Wu, D. / Robinson, C.V. / Matthews, S. / Langer, T.
履歴
登録2018年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
F: PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
A: TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
H: TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2357
ポリマ-64,1404
非ポリマー2,0953
37821
1
C: PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
H: TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
ヘテロ分子

F: PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
A: TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Lipidomics and native mass spectrometry used to confirm substrate binding. DOPS was exchanged to 25% in the PRELIK58V sample (see supplementary materials) upon incubation of 10X (6:3) DDM-DOPS.
  • 66.2 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2357
ポリマ-64,1404
非ポリマー2,0953
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z1
Buried area11690 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area23990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.000, 126.000, 178.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

#1: タンパク質 PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial / 25 kDa protein of relevant evolutionary and lymphoid interest / Px19-like protein


分子量: 21551.279 Da / 分子数: 2 / 変異: K58V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRELID1, PRELI, CGI-106, SBBI12 / プラスミド: pET_Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: Q9Y255
#2: タンパク質 TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1 / Protein 15E1.1 / WF-1 / p53-inducible cell-survival factor / p53CSV


分子量: 10518.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIAP1, 15E1.1, HSPC132 / プラスミド: pRSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: O43715
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-P5S / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / phosphatidyl serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン


分子量: 792.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C42H82NO10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.93 % / 解説: large hexagonal rods
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 40% PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→63 Å / Num. obs: 17749 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.1 % / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.98→3.03 Å / Num. unique obs: 894 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I3V
解像度: 2.98→63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 28.173 / SU ML: 0.471 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.311 / ESU R Free: 0.436 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29892 874 4.9 %RANDOM
Rwork0.24376 ---
obs0.24672 16844 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 105.079 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.88 Å21.94 Å20 Å2
2--3.88 Å20 Å2
3----12.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.98→63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3817 0 61 21 3899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5271.9235410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1637928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5955493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05323.046174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.61915575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9991524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.06611.2251987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.06911.231985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.38416.8412475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.38416.8412475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.26711.5011994
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.26411.4961995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.71417.0622936
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.98→3.057 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.521 62 -
Rwork0.395 1214 -
obs--99.84 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る