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- PDB-6i33: Crystal structure of human glycine decarboxylase (P-protein) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i33
タイトルCrystal structure of human glycine decarboxylase (P-protein)
要素Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / mitochondrial / glycine decarboxylase / glycine cleavage system P-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methylamine / response to lipoic acid / pyridoxal binding / glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring) / glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity / glycine catabolic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / glycine binding ...response to methylamine / response to lipoic acid / pyridoxal binding / glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring) / glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity / glycine catabolic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / glycine binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / pyridoxal phosphate binding / electron transfer activity / lyase activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine dehydrogenase (decarboxylating) / Glycine cleavage system P protein / : / : / Glycine cleavage system P-protein / Glycine dehydrogenase, C-terminal domain / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Van Laer, B. / Kapp, U. / Leonard, G. / Mueller-Dieckmann, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights in human glycine decarboxylase and comparison with the Neanderthal variant
著者: Van Laer, B. / Kapp, U. / Signor, L. / Leonard, G. / Mueller-Dieckmann, C.
履歴
登録2018年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial
B: Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,13814
ポリマ－219,0242
非ポリマー1,11412
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10980 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area57710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.810, 123.510, 99.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 51 - 1004 / Label seq-ID: 8 - 961

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial / Glycine cleavage system P protein / Glycine decarboxylase / Glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring)


分子量: 109512.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLDC, GCSP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P23378, glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring)
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 6 % PEG3350, 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.1 Å / Num. obs: 90460 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 13232 / CC1/2: 0.74 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LHD

4lhd


解像度: 2.3→46.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23549 4521 5 %RANDOM
Rwork0.21168 ---
obs0.2129 85899 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.399 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20 Å21.29 Å2
2---1.97 Å2-0 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14617 0 70 165 14852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01915007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0213885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.96220292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.749332247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48251867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.24223.735672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.149152552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.87315105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.22234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02116620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.022997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.391.0147492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.391.0137491
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7021.5199351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7021.5199352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7181.1027515
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7181.1027515
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8131.61410942
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.2512.34416600
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.24912.28316586
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 60176 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 333 -
Rwork0.346 6345 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.78730.0642-0.17420.9383-0.09680.74750.05010.02550.0789-0.04920.02720.0486-0.01510.0025-0.07730.0460.0224-0.11670.6882-0.01370.380514.606-23.91-53.474
20.71340.0575-0.06331.105-0.08970.86060.0495-0.36090.07910.46740.0083-0.117-0.01820.1877-0.05790.26860.0137-0.20461.0267-0.07560.380327.432-27.193-12.57
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A49 - 1005
2X-RAY DIFFRACTION2B51 - 1004

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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