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万見
- PDB-6i13: CRYSTAL STRUCTURE OF FASCIN IN COMPLEX WITH COMPOUND 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i13
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FASCIN IN COMPLEX WITH COMPOUND 7
要素Fascin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / actin bundling / small molecule inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / positive regulation of podosome assembly / cell-cell junction assembly / podosome ...microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / positive regulation of podosome assembly / cell-cell junction assembly / podosome / positive regulation of filopodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / microvillus / actin filament bundle assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / stress fiber / ruffle / filopodium / cell motility / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament binding / cell-cell junction / cell migration / actin cytoskeleton / lamellipodium / actin binding / protein-macromolecule adaptor activity / cell cortex / growth cone / actin cytoskeleton organization / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cytoskeleton / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fascin / Fascin, metazoans / Fascin domain / Fascin domain / Actin-crosslinking / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-H0Q / Fascin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Schuettelkopf, A.W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Structure-based design, synthesis and biological evaluation of a novel series of isoquinolone and pyrazolo[4,3-c]pyridine inhibitors of fascin 1 as potential anti-metastatic agents.
著者: Francis, S. / Croft, D. / Schuttelkopf, A.W. / Parry, C. / Pugliese, A. / Cameron, K. / Claydon, S. / Drysdale, M. / Gardner, C. / Gohlke, A. / Goodwin, G. / Gray, C.H. / Konczal, J. / ...著者: Francis, S. / Croft, D. / Schuttelkopf, A.W. / Parry, C. / Pugliese, A. / Cameron, K. / Claydon, S. / Drysdale, M. / Gardner, C. / Gohlke, A. / Goodwin, G. / Gray, C.H. / Konczal, J. / McDonald, L. / Mezna, M. / Pannifer, A. / Paul, N.R. / Machesky, L. / McKinnon, H. / Bower, J.
履歴
登録2018年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2406
ポリマ－54,6021
非ポリマー6385
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.520, 92.240, 99.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fascin / 55 kDa actin-bundling protein / Singed-like protein / p55


分子量: 54601.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FSCN1, FAN1, HSN, SNL / プラスミド: pBDDP-SPR3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q16658
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-H0Q / 2-[(3-chlorophenyl)methyl]-~{N}-(1-methylpyrazol-4-yl)-1-oxidanylidene-isoquinoline-4-carboxamide


分子量: 392.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17ClN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 % / Mosaicity: 0.226 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 18-22% PEG 8000, 100-130 mM MgAc2, 100 mM citric acid pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→60.52 Å / Num. obs: 53049 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 26.977 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 342076
反射 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.504 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rpim(I) all: 0.68 / Rrim(I) all: 1.76 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
xia20.3.8.0データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia20.3.8.0データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I10

6i10


解像度: 1.79→51.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.489 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.118
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 2639 5 %RANDOM
Rwork0.1968 ---
obs0.1983 50343 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.41 Å2 / Biso mean: 34.38 Å2 / Biso min: 18.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→51.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3784 0 44 267 4095
Biso mean--34.46 39.16 -
残基数----484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0143915
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.675291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6051.6597965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9385485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.61521.396222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92215639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0111533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1891.7021941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1871.7021939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9382.5472425
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 196 -
Rwork0.346 3692 -
all-3888 -
obs--99.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.48 Å / Origin y: 11.476 Å / Origin z: 26.448 Å
111213212223313233
T0.1812 Å2-0.0175 Å20.0181 Å2-0.1487 Å2-0.0121 Å2--0.004 Å2
L0.9939 °2-0.1296 °20.6704 °2-0.4464 °20.0941 °2--1.357 °2
S0.0445 Å °0.0719 Å °-0.0359 Å °-0.1123 Å °-0.0049 Å °-0.007 Å °-0.0083 Å °0.0451 Å °-0.0396 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 493
2X-RAY DIFFRACTION1A505
3X-RAY DIFFRACTION1A601 - 867
4X-RAY DIFFRACTION1A501 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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