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万見
- PDB-6hun: Dimeric Archeal Rubisco from Hyperthermus butylicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hun
タイトルDimeric Archeal Rubisco from Hyperthermus butylicus
要素Ribulose bisphosphate carboxylase
キーワードPHOTOSYNTHESIS / ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase oxygenase / rubisco / thermal stability / Hyperthermus butylicus
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP catabolic process / ribulose-bisphosphate carboxylase / carbon fixation / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, type III / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain ...Ribulose bisphosphate carboxylase, type III / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Hyperthermus butylicus DSM 5456 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Keown, J.R. / Bundela, R. / Pearce, F.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Structure of a hyperthermostable dimeric archaeal Rubisco from Hyperthermus butylicus.
著者: Bundela, R. / Keown, J. / Watkin, S. / Pearce, F.G.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3032
ポリマ－51,2631
非ポリマー401
水2,288127
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6054
ポリマ－102,5252
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area6950 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area29290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.412, 69.866, 94.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-610-

HOH

21A-658-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribulose bisphosphate carboxylase / RuBisCO


分子量: 51262.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hyperthermus butylicus DSM 5456 (古細菌)
遺伝子: rbcL, Hbut_0503 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2BK54, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M CaCl2, 20% (w/v) PEG6000, and 100 mM sodium acetate/acetic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.31 Å / Num. obs: 41694 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.37 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.8-1.8430.22323460.9340.1530.27294.1
9.01-49.312.80.0543560.9890.0370.06697.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GEH

1geh


解像度: 1.802→43.613 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2163 2054 4.93 %
Rwork0.1789 --
obs0.1807 41684 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.61 Å2 / Biso mean: 46.5897 Å2 / Biso min: 12.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.802→43.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3369 0 1 127 3497
Biso mean--44.43 42.1 -
残基数----428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8018-1.84370.26041520.23892495264795
1.8437-1.88980.251510.220326102761100
1.8898-1.94090.25161300.216626342764100
1.9409-1.9980.25681410.225726312772100
1.998-2.06250.28461240.217626652789100
2.0625-2.13620.25781440.214826522796100
2.1362-2.22170.24761330.209126292762100
2.2217-2.32290.23971360.198226572793100
2.3229-2.44530.2511440.191726632807100
2.4453-2.59850.22271220.18626392761100
2.5985-2.79910.21431290.188726882817100
2.7991-3.08070.22571320.192726412773100
3.0807-3.52630.23261430.17752640278399
3.5263-4.44210.17771370.15062668280599
4.4421-43.62530.17981360.1482718285499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5427-0.0104-0.6163.1235-0.04262.49880.2293-0.81810.06160.13340.0381-0.7018-0.0531.3957-0.02820.1937-0.0202-0.16970.6613-0.02590.259732.9786-0.2478-33.1479
22.7502-0.3957-1.57052.76690.0523.17670.4607-0.01640.35930.4098-0.1470.5482-0.3602-0.3196-0.12010.2561-0.01920.10490.1762-0.03290.34046.071110.0302-32.7413
31.65440.0148-1.00630.7309-0.96572.38360.16140.1114-0.14490.54610.04270.83990.2004-0.8709-0.22760.5509-0.23010.27270.5449-0.07030.7452-8.60530.7325-22.127
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 149 )A9 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 150 through 357 )A150 - 357
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 358 through 440 )A358 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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