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万見
- PDB-6huh: CRYSTAL STRUCTURE OF OXA-427 class D BETA-LACTAMASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6huh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF OXA-427 class D BETA-LACTAMASE
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / CLASS D BETA-LACTAMASE OXA-427-HisTag / ANTIBIOTIC / DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Zavala, A. / Retailleau, P. / Bogaerts, P. / Glupczynski, Y. / Naas, T. / Iorga, B.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-LABX-33 フランス
French National Research AgencyANR-14-JAMR-0002 フランス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF CMY-OXA-427-HisTag BETA-LACTAMASE
著者: Zavala, A. / Naas, T. / Bogaerts, P. / Glupczynski, Y. / Retailleau, P. / Iorga, B.I.
履歴
登録2018年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2875
ポリマ－60,9992
非ポリマー2883
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.790, 42.580, 99.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30499.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaOXA-427, PKLPN57_278 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y6M6D7, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2M ammonium sulfate; 0.2M sodium fluoride

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
21001N
11001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 220.9801
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 210.9801
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 9M2PIXEL2017年4月8日
DECTRIS EIGER X 9M1PIXEL2017年4月8日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98011
20.98011
反射解像度: 2.776→68.1 Å / Num. obs: 13454 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 56.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.78→2.88 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSv20160617データ削減
Aimlessv0.5.31データスケーリング
MrBUMPv7.0.027位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GN2

4gn2


解像度: 2.78→68.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.41
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 681 5.09 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.208 13388 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7283 Å20 Å29.2821 Å2
2--8.1414 Å20 Å2
3----13.8697 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→68.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3790 0 37 134 3961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013942HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.175349HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1310SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes94HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes566HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3942HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.02
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion486SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4536SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.78→3 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 154 5.33 %
Rwork0.2128 2738 -
all0.2166 2892 -
obs--99.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6946-0.34621.17971.7313-0.78051.4716-0.05380.06950.13390.05140.04560.02180.11260.02290.0082-0.0384-0.0108-0.1085-0.1050.0229-0.142717.770624.37337.5835
22.3854-0.12271.71872.1928-0.42512.46390.11180.1142-0.01850.03820.0256-0.01020.11240.1435-0.1373-0.00260.0812-0.2224-0.1734-0.037-0.176441.634539.673528.4623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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