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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hu8
タイトルApo form of the competence regulator ComR from Streptococcus vestibularis
要素Transcriptional regulator ComR
キーワードTRANSCRIPTION / RNPP family TPR domain HTH domain bacterial signaling peptide binding
機能・相同性ComR, tetratricopeptide / ComR tetratricopeptide / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / DNA binding / HTH cro/C1-type domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus vestibularis F0396 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.894 Å
データ登録者Nessler, S. / Thuillier, J. / Ledesma, L. / Hols, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Molecular dissection of pheromone selectivity in the competence signaling system ComRS of streptococci.
著者: Ledesma-Garcia, L. / Thuillier, J. / Guzman-Espinola, A. / Ensinck, I. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Lazar, N. / Aumont-Nicaise, M. / Mignolet, J. / Soumillion, P. / Nessler, S. / Hols, P.
履歴
登録2018年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator ComR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3631
ポリマ－36,3631
非ポリマー00
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.070, 38.290, 87.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator ComR


分子量: 36362.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal Strep-tag sequence: GAGWSHPQFEK
由来: (組換発現) Streptococcus vestibularis F0396 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF9192_0126
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: E3CNF6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.15 M DL-malic acid, 20 mg/ml protein concentration

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.894→50 Å / Num. obs: 26937 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.66 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.894→2.01 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 4162 / CC1/2: 0.55 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JUF

5juf


解像度: 1.894→36.801 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1347 5.01 %
Rwork0.21 --
obs0.2117 26903 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.49 Å2 / Biso mean: 45.5283 Å2 / Biso min: 27.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.894→36.801 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2467 0 0 56 2523
Biso mean---43.71 -
残基数----299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d13371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.263976
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8937-1.96130.37151250.3672366249194
1.9613-2.03990.40131360.3432577271399
2.0399-2.13270.3641330.295625372670100
2.1327-2.24510.29451350.252525592694100
2.2451-2.38570.2861340.24625352669100
2.3857-2.56990.27431350.236125632698100
2.5699-2.82840.27071350.237425542689100
2.8284-3.23750.26921370.230226062743100
3.2375-4.07810.22151360.192125832719100
4.0781-36.80770.17891410.156626762817100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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