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- PDB-6hsv: Engineered higher-order assembly of Cholera Toxin B subunits via ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hsv
タイトルEngineered higher-order assembly of Cholera Toxin B subunits via the addition of C-terminal parallel coiled-coiled domains
要素Toxin B subunit
キーワードTOXIN / Cholera toxin B / CTB / parallel coiled coils / higher order assembly / self assembly / designed protein / nanotube
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Cholera enterotoxin subunit B / Toxin B subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Pearson, A.R. / Turnbull, W.B. / Ross, J.F. / Trinh, C.H. / Webb, M.E.
資金援助 英国, ドイツ, 7件
組織認可番号
Wellcome Trust089308/Z/09/Z 英国
Wellcome Trust102572/B/13/Z 英国
Wellcome Trust090932/Z/09/Z 英国
Wellcome Trust094232/Z/10/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M005666/1 英国
German Research FoundationEXC1074 ドイツ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / : 2019
タイトル: Directed Assembly of Homopentameric Cholera Toxin B-Subunit Proteins into Higher-Order Structures Using Coiled-Coil Appendages.
著者: Ross, J.F. / Wildsmith, G.C. / Johnson, M. / Hurdiss, D.L. / Hollingsworth, K. / Thompson, R.F. / Mosayebi, M. / Trinh, C.H. / Paci, E. / Pearson, A.R. / Webb, M.E. / Turnbull, W.B.
履歴
登録2018年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_validate_close_contact ...diffrn_source / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Toxin B subunit
B: Toxin B subunit
C: Toxin B subunit
D: Toxin B subunit
E: Toxin B subunit
F: Toxin B subunit
G: Toxin B subunit
H: Toxin B subunit
I: Toxin B subunit
J: Toxin B subunit
K: Toxin B subunit
L: Toxin B subunit
M: Toxin B subunit
N: Toxin B subunit
O: Toxin B subunit
P: Toxin B subunit
Q: Toxin B subunit
R: Toxin B subunit
S: Toxin B subunit
T: Toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,39454
ポリマ-277,59820
非ポリマー3,79634
10,521584
1
A: Toxin B subunit
B: Toxin B subunit
C: Toxin B subunit
D: Toxin B subunit
E: Toxin B subunit
F: Toxin B subunit
G: Toxin B subunit
H: Toxin B subunit
I: Toxin B subunit
J: Toxin B subunit
K: Toxin B subunit
L: Toxin B subunit
M: Toxin B subunit
N: Toxin B subunit
O: Toxin B subunit
P: Toxin B subunit
Q: Toxin B subunit
R: Toxin B subunit
S: Toxin B subunit
T: Toxin B subunit
ヘテロ分子

A: Toxin B subunit
B: Toxin B subunit
C: Toxin B subunit
D: Toxin B subunit
E: Toxin B subunit
F: Toxin B subunit
G: Toxin B subunit
H: Toxin B subunit
I: Toxin B subunit
J: Toxin B subunit
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L: Toxin B subunit
M: Toxin B subunit
N: Toxin B subunit
O: Toxin B subunit
P: Toxin B subunit
Q: Toxin B subunit
R: Toxin B subunit
S: Toxin B subunit
T: Toxin B subunit
ヘテロ分子

A: Toxin B subunit
B: Toxin B subunit
C: Toxin B subunit
D: Toxin B subunit
E: Toxin B subunit
F: Toxin B subunit
G: Toxin B subunit
H: Toxin B subunit
I: Toxin B subunit
J: Toxin B subunit
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L: Toxin B subunit
M: Toxin B subunit
N: Toxin B subunit
O: Toxin B subunit
P: Toxin B subunit
Q: Toxin B subunit
R: Toxin B subunit
S: Toxin B subunit
T: Toxin B subunit
ヘテロ分子

A: Toxin B subunit
B: Toxin B subunit
C: Toxin B subunit
D: Toxin B subunit
E: Toxin B subunit
F: Toxin B subunit
G: Toxin B subunit
H: Toxin B subunit
I: Toxin B subunit
J: Toxin B subunit
K: Toxin B subunit
L: Toxin B subunit
M: Toxin B subunit
N: Toxin B subunit
O: Toxin B subunit
P: Toxin B subunit
Q: Toxin B subunit
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ヘテロ分子

A: Toxin B subunit
B: Toxin B subunit
C: Toxin B subunit
D: Toxin B subunit
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F: Toxin B subunit
G: Toxin B subunit
H: Toxin B subunit
I: Toxin B subunit
J: Toxin B subunit
K: Toxin B subunit
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O: Toxin B subunit
P: Toxin B subunit
Q: Toxin B subunit
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ヘテロ分子

A: Toxin B subunit
B: Toxin B subunit
C: Toxin B subunit
D: Toxin B subunit
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G: Toxin B subunit
H: Toxin B subunit
I: Toxin B subunit
J: Toxin B subunit
K: Toxin B subunit
L: Toxin B subunit
M: Toxin B subunit
N: Toxin B subunit
O: Toxin B subunit
P: Toxin B subunit
Q: Toxin B subunit
R: Toxin B subunit
S: Toxin B subunit
T: Toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,688,364324
ポリマ-1,665,588120
非ポリマー22,776204
2,162120
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation4_774-x+2,-y+2,z-1/21
crystal symmetry operation5_564y,-x+y+1,z-1/21
crystal symmetry operation6_654x-y+1,x,z-1/21
2
A: Toxin B subunit
B: Toxin B subunit
C: Toxin B subunit
D: Toxin B subunit
E: Toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,29813
ポリマ-69,4005
非ポリマー8998
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15410 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area21450 Å2
手法PISA
3
F: Toxin B subunit
G: Toxin B subunit
H: Toxin B subunit
I: Toxin B subunit
J: Toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,41714
ポリマ-69,4005
非ポリマー1,0179
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15850 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area24240 Å2
手法PISA
4
K: Toxin B subunit
L: Toxin B subunit
M: Toxin B subunit
N: Toxin B subunit
O: Toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,99010
ポリマ-69,4005
非ポリマー5915
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15520 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area25250 Å2
手法PISA
5
P: Toxin B subunit
Q: Toxin B subunit
R: Toxin B subunit
S: Toxin B subunit
T: Toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,68817
ポリマ-69,4005
非ポリマー1,28912
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16540 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area21670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.160, 179.160, 192.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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241ALAALAGG1 - 1021 - 102
142ASNASNCC1 - 1031 - 103
242ASNASNHH1 - 1031 - 103
143ASNASNCC1 - 1031 - 103
243ASNASNII1 - 1031 - 103
144ALAALACC1 - 1021 - 102
244ALAALAJJ1 - 1021 - 102
145ASNASNCC1 - 1031 - 103
245ASNASNKK1 - 1031 - 103
146ALAALACC1 - 1021 - 102
246ALAALALL1 - 1021 - 102
147ALAALACC1 - 1021 - 102
247ALAALAMM1 - 1021 - 102
148ALAALACC1 - 1021 - 102
248ALAALANN1 - 1021 - 102
149ALAALACC1 - 1021 - 102
249ALAALAOO1 - 1021 - 102
150ALAALACC1 - 1021 - 102
250ALAALAPP1 - 1021 - 102
151ASNASNCC1 - 1031 - 103
251ASNASNQQ1 - 1031 - 103
152ASNASNCC1 - 1031 - 103
252ASNASNRR1 - 1031 - 103
153ASNASNCC1 - 1031 - 103
253ASNASNSS1 - 1031 - 103
154ASNASNCC1 - 1031 - 103
254ASNASNTT1 - 1031 - 103
155ALAALADD1 - 1021 - 102
255ALAALAEE1 - 1021 - 102
156ALAALADD1 - 1021 - 102
256ALAALAFF1 - 1021 - 102
157ALAALADD1 - 1021 - 102
257ALAALAGG1 - 1021 - 102
158ALAALADD1 - 1021 - 102
258ALAALAHH1 - 1021 - 102
159ASNASNDD1 - 1031 - 103
259ASNASNII1 - 1031 - 103
160ALAALADD1 - 1021 - 102
260ALAALAJJ1 - 1021 - 102
161ASNASNDD1 - 1031 - 103
261ASNASNKK1 - 1031 - 103
162ALAALADD1 - 1021 - 102
262ALAALALL1 - 1021 - 102
163ALAALADD1 - 1021 - 102
263ALAALAMM1 - 1021 - 102
164ALAALADD1 - 1021 - 102
264ALAALANN1 - 1021 - 102
165ALAALADD1 - 1021 - 102
265ALAALAOO1 - 1021 - 102
166ALAALADD1 - 1021 - 102
266ALAALAPP1 - 1021 - 102
167ASNASNDD1 - 1031 - 103
267ASNASNQQ1 - 1031 - 103
168ALAALADD1 - 1021 - 102
268ALAALARR1 - 1021 - 102
169ASNASNDD1 - 1031 - 103
269ASNASNSS1 - 1031 - 103
170ASNASNDD1 - 1031 - 103
270ASNASNTT1 - 1031 - 103
171GLUGLUEE1 - 1231 - 123
271GLUGLUFF1 - 1231 - 123
172GLUGLUEE1 - 1231 - 123
272GLUGLUGG1 - 1231 - 123
173ASNASNEE1 - 1031 - 103
273ASNASNHH1 - 1031 - 103
174ALAALAEE1 - 1021 - 102
274ALAALAII1 - 1021 - 102
175GLUGLUEE1 - 1231 - 123
275GLUGLUJJ1 - 1231 - 123
176ALAALAEE1 - 1021 - 102
276ALAALAKK1 - 1021 - 102
177GLUGLUEE1 - 1231 - 123
277GLUGLULL1 - 1231 - 123
178GLUGLUEE1 - 1231 - 123
278GLUGLUMM1 - 1231 - 123
179GLUGLUEE1 - 1231 - 123
279GLUGLUNN1 - 1231 - 123
180GLUGLUEE1 - 1231 - 123
280GLUGLUOO1 - 1231 - 123
181GLUGLUEE1 - 1231 - 123
281GLUGLUPP1 - 1231 - 123
182ALAALAEE1 - 1021 - 102
282ALAALAQQ1 - 1021 - 102
183ASNASNEE1 - 1031 - 103
283ASNASNRR1 - 1031 - 103
184ALAALAEE1 - 1021 - 102
284ALAALASS1 - 1021 - 102
185ALAALAEE1 - 1021 - 102
285ALAALATT1 - 1021 - 102
186GLUGLUFF1 - 1231 - 123
286GLUGLUGG1 - 1231 - 123
187ASNASNFF1 - 1031 - 103
287ASNASNHH1 - 1031 - 103
188ALAALAFF1 - 1021 - 102
288ALAALAII1 - 1021 - 102
189GLUGLUFF1 - 1231 - 123
289GLUGLUJJ1 - 1231 - 123
190ALAALAFF1 - 1021 - 102
290ALAALAKK1 - 1021 - 102
191GLUGLUFF1 - 1231 - 123
291GLUGLULL1 - 1231 - 123
192GLUGLUFF1 - 1231 - 123
292GLUGLUMM1 - 1231 - 123
193GLUGLUFF1 - 1231 - 123
293GLUGLUNN1 - 1231 - 123
194GLUGLUFF1 - 1231 - 123
294GLUGLUOO1 - 1231 - 123
195GLUGLUFF1 - 1231 - 123
295GLUGLUPP1 - 1231 - 123
196ALAALAFF1 - 1021 - 102
296ALAALAQQ1 - 1021 - 102
197ASNASNFF1 - 1031 - 103
297ASNASNRR1 - 1031 - 103
198ALAALAFF1 - 1021 - 102
298ALAALASS1 - 1021 - 102
199ALAALAFF1 - 1021 - 102
299ALAALATT1 - 1021 - 102
1100ASNASNGG1 - 1031 - 103
2100ASNASNHH1 - 1031 - 103
1101ALAALAGG1 - 1021 - 102
2101ALAALAII1 - 1021 - 102
1102GLUGLUGG1 - 1231 - 123
2102GLUGLUJJ1 - 1231 - 123
1103ALAALAGG1 - 1021 - 102
2103ALAALAKK1 - 1021 - 102
1104GLUGLUGG1 - 1231 - 123
2104GLUGLULL1 - 1231 - 123
1105GLUGLUGG1 - 1231 - 123
2105GLUGLUMM1 - 1231 - 123
1106GLUGLUGG1 - 1231 - 123
2106GLUGLUNN1 - 1231 - 123
1107GLUGLUGG1 - 1231 - 123
2107GLUGLUOO1 - 1231 - 123
1108GLUGLUGG1 - 1231 - 123
2108GLUGLUPP1 - 1231 - 123
1109ALAALAGG1 - 1021 - 102
2109ALAALAQQ1 - 1021 - 102
1110ASNASNGG1 - 1031 - 103
2110ASNASNRR1 - 1031 - 103
1111ALAALAGG1 - 1021 - 102
2111ALAALASS1 - 1021 - 102
1112ALAALAGG1 - 1021 - 102
2112ALAALATT1 - 1021 - 102
1113ALAALAHH1 - 1021 - 102
2113ALAALAII1 - 1021 - 102
1114ASNASNHH1 - 1031 - 103
2114ASNASNJJ1 - 1031 - 103
1115ALAALAHH1 - 1021 - 102
2115ALAALAKK1 - 1021 - 102
1116ASNASNHH1 - 1031 - 103
2116ASNASNLL1 - 1031 - 103
1117ASNASNHH1 - 1031 - 103
2117ASNASNMM1 - 1031 - 103
1118ASNASNHH1 - 1031 - 103
2118ASNASNNN1 - 1031 - 103
1119ASNASNHH1 - 1031 - 103
2119ASNASNOO1 - 1031 - 103
1120ASNASNHH1 - 1031 - 103
2120ASNASNPP1 - 1031 - 103
1121ALAALAHH1 - 1021 - 102
2121ALAALAQQ1 - 1021 - 102
1122GLYGLYHH1 - 1041 - 104
2122GLYGLYRR1 - 1041 - 104
1123ALAALAHH1 - 1021 - 102
2123ALAALASS1 - 1021 - 102
1124ALAALAHH1 - 1021 - 102
2124ALAALATT1 - 1021 - 102
1125ALAALAII1 - 1021 - 102
2125ALAALAJJ1 - 1021 - 102
1126ASNASNII1 - 1031 - 103
2126ASNASNKK1 - 1031 - 103
1127ALAALAII1 - 1021 - 102
2127ALAALALL1 - 1021 - 102
1128ALAALAII1 - 1021 - 102
2128ALAALAMM1 - 1021 - 102
1129ALAALAII1 - 1021 - 102
2129ALAALANN1 - 1021 - 102
1130ALAALAII1 - 1021 - 102
2130ALAALAOO1 - 1021 - 102
1131ALAALAII1 - 1021 - 102
2131ALAALAPP1 - 1021 - 102
1132ASNASNII1 - 1031 - 103
2132ASNASNQQ1 - 1031 - 103
1133ALAALAII1 - 1021 - 102
2133ALAALARR1 - 1021 - 102
1134ASNASNII1 - 1031 - 103
2134ASNASNSS1 - 1031 - 103
1135ASNASNII1 - 1031 - 103
2135ASNASNTT1 - 1031 - 103
1136ALAALAJJ1 - 1021 - 102
2136ALAALAKK1 - 1021 - 102
1137GLUGLUJJ1 - 1231 - 123
2137GLUGLULL1 - 1231 - 123
1138GLUGLUJJ1 - 1231 - 123
2138GLUGLUMM1 - 1231 - 123
1139GLUGLUJJ1 - 1231 - 123
2139GLUGLUNN1 - 1231 - 123
1140GLUGLUJJ1 - 1231 - 123
2140GLUGLUOO1 - 1231 - 123
1141GLUGLUJJ1 - 1231 - 123
2141GLUGLUPP1 - 1231 - 123
1142ALAALAJJ1 - 1021 - 102
2142ALAALAQQ1 - 1021 - 102
1143ASNASNJJ1 - 1031 - 103
2143ASNASNRR1 - 1031 - 103
1144ALAALAJJ1 - 1021 - 102
2144ALAALASS1 - 1021 - 102
1145ALAALAJJ1 - 1021 - 102
2145ALAALATT1 - 1021 - 102
1146ALAALAKK1 - 1021 - 102
2146ALAALALL1 - 1021 - 102
1147ALAALAKK1 - 1021 - 102
2147ALAALAMM1 - 1021 - 102
1148ALAALAKK1 - 1021 - 102
2148ALAALANN1 - 1021 - 102
1149ALAALAKK1 - 1021 - 102
2149ALAALAOO1 - 1021 - 102
1150ALAALAKK1 - 1021 - 102
2150ALAALAPP1 - 1021 - 102
1151ASNASNKK1 - 1031 - 103
2151ASNASNQQ1 - 1031 - 103
1152ALAALAKK1 - 1021 - 102
2152ALAALARR1 - 1021 - 102
1153ASNASNKK1 - 1031 - 103
2153ASNASNSS1 - 1031 - 103
1154ASNASNKK1 - 1031 - 103
2154ASNASNTT1 - 1031 - 103
1155GLUGLULL1 - 1231 - 123
2155GLUGLUMM1 - 1231 - 123
1156GLUGLULL1 - 1231 - 123
2156GLUGLUNN1 - 1231 - 123
1157GLUGLULL1 - 1231 - 123
2157GLUGLUOO1 - 1231 - 123
1158GLUGLULL1 - 1231 - 123
2158GLUGLUPP1 - 1231 - 123
1159ALAALALL1 - 1021 - 102
2159ALAALAQQ1 - 1021 - 102
1160ASNASNLL1 - 1031 - 103
2160ASNASNRR1 - 1031 - 103
1161ALAALALL1 - 1021 - 102
2161ALAALASS1 - 1021 - 102
1162ALAALALL1 - 1021 - 102
2162ALAALATT1 - 1021 - 102
1163GLUGLUMM1 - 1231 - 123
2163GLUGLUNN1 - 1231 - 123
1164GLUGLUMM1 - 1231 - 123
2164GLUGLUOO1 - 1231 - 123
1165GLUGLUMM1 - 1231 - 123
2165GLUGLUPP1 - 1231 - 123
1166ALAALAMM1 - 1021 - 102
2166ALAALAQQ1 - 1021 - 102
1167ASNASNMM1 - 1031 - 103
2167ASNASNRR1 - 1031 - 103
1168ALAALAMM1 - 1021 - 102
2168ALAALASS1 - 1021 - 102
1169ALAALAMM1 - 1021 - 102
2169ALAALATT1 - 1021 - 102
1170GLUGLUNN1 - 1231 - 123
2170GLUGLUOO1 - 1231 - 123
1171GLUGLUNN1 - 1231 - 123
2171GLUGLUPP1 - 1231 - 123
1172ALAALANN1 - 1021 - 102
2172ALAALAQQ1 - 1021 - 102
1173ASNASNNN1 - 1031 - 103
2173ASNASNRR1 - 1031 - 103
1174ALAALANN1 - 1021 - 102
2174ALAALASS1 - 1021 - 102
1175ALAALANN1 - 1021 - 102
2175ALAALATT1 - 1021 - 102
1176GLUGLUOO1 - 1231 - 123
2176GLUGLUPP1 - 1231 - 123
1177ALAALAOO1 - 1021 - 102
2177ALAALAQQ1 - 1021 - 102
1178ASNASNOO1 - 1031 - 103
2178ASNASNRR1 - 1031 - 103
1179ALAALAOO1 - 1021 - 102
2179ALAALASS1 - 1021 - 102
1180ALAALAOO1 - 1021 - 102
2180ALAALATT1 - 1021 - 102
1181ALAALAPP1 - 1021 - 102
2181ALAALAQQ1 - 1021 - 102
1182ASNASNPP1 - 1031 - 103
2182ASNASNRR1 - 1031 - 103
1183ALAALAPP1 - 1021 - 102
2183ALAALASS1 - 1021 - 102
1184ALAALAPP1 - 1021 - 102
2184ALAALATT1 - 1021 - 102
1185ALAALAQQ1 - 1021 - 102
2185ALAALARR1 - 1021 - 102
1186ASNASNQQ1 - 1031 - 103
2186ASNASNSS1 - 1031 - 103
1187ASNASNQQ1 - 1031 - 103
2187ASNASNTT1 - 1031 - 103
1188ALAALARR1 - 1021 - 102
2188ALAALASS1 - 1021 - 102
1189ALAALARR1 - 1021 - 102
2189ALAALATT1 - 1021 - 102
1190ASNASNSS1 - 1031 - 103
2190ASNASNTT1 - 1031 - 103

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
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147
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150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
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173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190

-
要素

#1: タンパク質
Toxin B subunit


分子量: 13879.902 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CTB / プラスミド: pSAB2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q7X2D2, UniProt: P01556*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#3: 化合物...
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Hampton Crystal Screen 2 condition #43: 0.2 M Ammonium Phosphate monobasic, 0.1 M Tris (pH 8.5), 50% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→37.28 Å / Num. obs: 127892 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 9402 / CC1/2: 0.864 / Rpim(I) all: 0.346 / Rrim(I) all: 0.744 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
Aimless0.2.17データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CHB
解像度: 2.45→37.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 14.984 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.205
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Each CTB pentamer (residues 1-103, chains ABCDE, FGHIJ, KLMNO, PQRST) and each of the three triple helices (residues 104-124, chains EFG, ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Each CTB pentamer (residues 1-103, chains ABCDE, FGHIJ, KLMNO, PQRST) and each of the three triple helices (residues 104-124, chains EFG, JLM, NOP) was described with a separate single TLS group. Restrained refinement used REFMAC automatically generated local NCS restraints.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21378 6304 4.9 %RANDOM
Rwork0.19548 ---
obs0.19639 121547 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 55.917 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20.48 Å20 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----3.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→37.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17187 0 247 584 18018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01317740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01716513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7941.6524057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3671.57838256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.0485.1992266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.24424.212793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.289153049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.3311561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0220919
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4421.738949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4411.7298948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4232.58611157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4232.58611158
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1572.0318792
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2212.95412900
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.50821.02918816
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.50821.03218817
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
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1892T31040.04
1901S31830.07
1902T31830.07
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 505 -
Rwork0.265 8856 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95150.43150.43832.2173-0.52141.47280.0668-0.02710.37910.1475-0.27210.2899-0.20270.07310.20520.2192-0.06530.11780.1814-0.2670.923234.85201.93231.38
20.32480.32630.03381.49140.33711.86110.0248-0.0120.1240.0542-0.02190.4017-0.0531-0.0705-0.00290.01850.0345-0.00890.1503-0.27870.815817.554144.41539.875
31.5636-0.56490.00660.8809-0.24922.5571-0.19640.0389-0.4152-0.016-0.28360.18380.2264-0.24760.48010.0883-0.00630.14930.1521-0.15970.956439.509102.32678.459
41.7926-0.1593-0.10380.6363-0.64891.22140.09330.25920.4471-0.0351-0.074-0.1303-0.00680.0432-0.01930.03960.00490.07590.04570.04150.601996.53282.74986.713
59.82440.1076-3.49910.1154-0.15391.4076-0.60480.5482-0.43560.1171-0.0593-0.54090.21350.14430.66421.3380.1246-0.29621.9793-0.14472.732250.813160.93833.834
60.1833-0.0052-0.89180.4039-1.30479.9573-0.1184-0.20440.43270.0631-0.0196-0.7833-0.51370.08490.13791.7064-0.049-0.08811.4905-0.3112.563949.496135.52870.47
77.6115-0.56393.83627.77330.73552.1470.6045-0.1280.738-0.5191-0.8964-1.0633-0.1524-0.15180.29192.0169-0.1190.14571.4774-0.05742.036772.604119.9484.781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 103
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 103
4X-RAY DIFFRACTION1D1 - 103
5X-RAY DIFFRACTION1E1 - 103
6X-RAY DIFFRACTION2F1 - 103
7X-RAY DIFFRACTION2G1 - 103
8X-RAY DIFFRACTION2H1 - 103
9X-RAY DIFFRACTION2I1 - 103
10X-RAY DIFFRACTION2J1 - 103
11X-RAY DIFFRACTION3K1 - 103
12X-RAY DIFFRACTION3L1 - 103
13X-RAY DIFFRACTION3M1 - 103
14X-RAY DIFFRACTION3N1 - 103
15X-RAY DIFFRACTION3O1 - 103
16X-RAY DIFFRACTION4P1 - 103
17X-RAY DIFFRACTION4Q1 - 103
18X-RAY DIFFRACTION4R1 - 103
19X-RAY DIFFRACTION4S1 - 103
20X-RAY DIFFRACTION4T1 - 103
21X-RAY DIFFRACTION5E104 - 124
22X-RAY DIFFRACTION5F104 - 124
23X-RAY DIFFRACTION5G104 - 124
24X-RAY DIFFRACTION6J104 - 124
25X-RAY DIFFRACTION6L104 - 124
26X-RAY DIFFRACTION6M104 - 124
27X-RAY DIFFRACTION7N104 - 124
28X-RAY DIFFRACTION7O104 - 124
29X-RAY DIFFRACTION7P104 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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