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- PDB-6hrg: Structure of Igni18, a novel metallo hydrolase from the hyperther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hrg
タイトルStructure of Igni18, a novel metallo hydrolase from the hyperthermophilic archaeon Ignicoccus hospitalis KIN4/I
要素UPF0173 metal-dependent hydrolase Igni_1254
キーワードHYDROLASE / Ignococcus hospitalis / metallo-B-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown funcion UPF0173 / Beta-lactamase superfamily domain / : / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / UPF0173 metal-dependent hydrolase Igni_1254
類似検索 - 構成要素
生物種Ignicoccus hospitalis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Smits, S.H. / Streit, W.R. / Jaeger, K.E. / Hoeppner, A.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: A promiscuous ancestral enzyme ́s structure unveils protein variable regions of the highly diverse metallo-beta-lactamase family.
著者: Perez-Garcia, P. / Kobus, S. / Gertzen, C.G.W. / Hoeppner, A. / Holzscheck, N. / Strunk, C.H. / Huber, H. / Jaeger, K.E. / Gohlke, H. / Kovacic, F. / Smits, S.H.J. / Streit, W.R. / Chow, J.
履歴
登録2018年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0173 metal-dependent hydrolase Igni_1254
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9735
ポリマ－28,7081
非ポリマー2654
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.420, 67.420, 253.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

PO4

21A-303-

PO4

31A-469-

HOH

41A-488-

HOH

51A-493-

HOH

61A-494-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UPF0173 metal-dependent hydrolase Igni_1254


分子量: 28707.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ignicoccus hospitalis (古細菌) / 遺伝子: Igni_1254 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A8ABX8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8 and 22 % (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→84.59 Å / Num. obs: 12063 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.12→84.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 7.093 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.215
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 989 7.6 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
obs0.1891 12063 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.47 Å2 / Biso mean: 37.05 Å2 / Biso min: 16.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→84.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1793 0 8 97 1898
Biso mean--45.29 38.63 -
残基数----233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191855
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.9662525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80734049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9185236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.00924.475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.95715302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.94155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
LS精密化 シェル解像度: 2.119→2.174 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 68 -
Rwork0.236 887 -
all-955 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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