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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hqj | ||||||
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タイトル | apo-form of polyphenol oxidase from Solanum lycopersicum | ||||||
要素 | Polyphenol oxidase A, chloroplastic | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / polyphenol oxidase / tyrosinase (モノフェノールモノオキシゲナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 カテコールオキシダーゼ / catechol oxidase activity / pigment biosynthetic process / chloroplast thylakoid lumen / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Solanum lycopersicum (トマト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å | ||||||
データ登録者 | Kampatsikas, I. / Bijelic, A. / Rompel, A. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: Biochemical and structural characterization of tomato polyphenol oxidases provide novel insights into their substrate specificity. 著者: Kampatsikas, I. / Bijelic, A. / Rompel, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hqj.cif.gz | 205.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hqj.ent.gz | 163.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hqj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/6hqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/6hqj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57218.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q08303*PLUS, カテコールオキシダーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM sodium citrate pH 6.6, 13% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→42.47 Å / Num. obs: 40854 / % possible obs: 98.95 % / 冗長度: 3.1 % / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.87 Å / Rpim(I) all: 0.441 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6HQI 解像度: 1.802→42.468 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.07
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.802→42.468 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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