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- PDB-6hqi: holo-form of polyphenol oxidase from Solanum lycopersicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hqi
タイトルholo-form of polyphenol oxidase from Solanum lycopersicum
要素Polyphenol oxidase A, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / polyphenol oxidase / tyrosinase
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol oxidase / pigment biosynthetic process / catechol oxidase activity / chloroplast thylakoid lumen / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyphenol oxidase / Polyphenol oxidase, central domain / Polyphenol oxidase, C-terminal / Polyphenol oxidase middle domain / Chloroplastic Polyphenol Oxidase C-terminal domain / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase ...Polyphenol oxidase / Polyphenol oxidase, central domain / Polyphenol oxidase, C-terminal / Polyphenol oxidase middle domain / Chloroplastic Polyphenol Oxidase C-terminal domain / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / OXYGEN ATOM / Polyphenol oxidase A, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kampatsikas, I. / Bijelic, A. / Rompel, A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund29144 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Biochemical and structural characterization of tomato polyphenol oxidases provide novel insights into their substrate specificity.
著者: Kampatsikas, I. / Bijelic, A. / Rompel, A.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyphenol oxidase A, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3614
ポリマ－57,2181
非ポリマー1433
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.620, 54.100, 69.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polyphenol oxidase A, chloroplastic


分子量: 57218.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08303*PLUS, catechol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM sodium citrate pH 6.6, 13% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→42.231 Å / Num. obs: 37575 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 6.81
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CE9

5ce9


解像度: 1.85→42.231 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 1879 5 %
Rwork0.1909 --
obs0.1928 37570 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3502 0 3 292 3797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173569
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8764844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7382097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.36861440.32282730X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.9560.31331430.29542720X-RAY DIFFRACTION100
1.956-2.01910.3231440.26832736X-RAY DIFFRACTION100
2.0191-2.09130.30071430.23462719X-RAY DIFFRACTION100
2.0913-2.1750.28111440.21462738X-RAY DIFFRACTION100
2.175-2.2740.23091430.2082723X-RAY DIFFRACTION100
2.274-2.39380.26671440.18822727X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.54380.20991450.19312746X-RAY DIFFRACTION100
2.5438-2.74020.23231430.18672734X-RAY DIFFRACTION100
2.7402-3.01590.21261460.18712771X-RAY DIFFRACTION100
3.0159-3.45210.21711450.17452742X-RAY DIFFRACTION100
3.4521-4.34860.17731450.15472766X-RAY DIFFRACTION100
4.3486-42.24160.22191500.17772839X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7302-0.37060.00991.41860.2781.289-0.0386-0.23750.22170.1145-0.0135-0.0079-0.0661-0.04520.00260.2052-0.03090.01340.2203-0.03510.1946-3.8291-0.614217.7543
22.08610.6055-0.45350.85050.6410.9695-0.0696-0.04410.1279-0.033-0.0005-0.1594-0.24830.1515-00.2803-0.0235-0.02110.21540.01210.332714.5787-10.11219.0977
33.3937-0.1823-0.03610.4120.08020.4469-0.0195-0.1331-0.19280.07230.0349-0.12920.00290.0880.02240.2767-0.0254-0.02130.21730.02250.263818.3818-10.141415.3372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 46 through 184 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 185 through 243 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 244 through 505 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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