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- PDB-6hqf: Structure of Phenylalanine ammonia-lyase from Petroselinum crispu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hqf
タイトルStructure of Phenylalanine ammonia-lyase from Petroselinum crispum in complex with (R)-APEP
要素Phenylalanine ammonia-lyase 1
キーワードLYASE / MIO group / Compex with inhibitor / plant enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine ammonia-lyase / cinnamic acid biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase activity / L-phenylalanine catabolic process / amino acid binding / protein-containing complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine ammonia-lyase 1; domain 3 / Phenylalanine ammonia-lyase / Phenylalanine ammonia-lyase, shielding domain superfamily / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) ...Phenylalanine ammonia-lyase 1; domain 3 / Phenylalanine ammonia-lyase / Phenylalanine ammonia-lyase, shielding domain superfamily / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
[(1R)-1-amino-2-phenylethyl]phosphonic acid / Phenylalanine ammonia-lyase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Petroselinum crispum (オランダゼリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Bata, Z. / Molnar, B. / Leveles, I. / Poppe, L. / Vertessy, G.B.
資金援助 ハンガリー, Romania, 11件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)K119493 ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)NVKP_16-1-2016-0020 ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)2017-1.3.1-VKE-2017-00002 ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)2017-1.3.1-VKE-2017-00013 ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)VEKOP-2.3.2-16-2017-00013 ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)NKP-2018-1.2.1-NKP-2018-00005 ハンガリー
Ministry of Human CapacitiesBME FIKP-BIO ハンガリー
Hungarian Academy of SciencesMedinProt grant ハンガリー
Ministry of Human CapacitiesUNKP-2017-3-III ハンガリー
Romania, National Authority for Scientific Research and InnovationID P_37_273, Cod MySMIS 103413 Romania
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)SNN-125637 ハンガリー
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Substrate Tunnel Engineering Aided by X-ray Crystallography and Functional Dynamics Swaps the Function of MIO-Enzymes
著者: Bata, Z. / Molnar, Z. / Madaras, E. / Molnar, B. / Santa-Bell, E. / Varga, A. / Leveles, I. / Qian, R. / Hammerschmidt, F. / Paizs, C. / Vertessy, B.G. / Poppe, L.
履歴
登録2018年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年4月7日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / citation / citation_author / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _audit_author.identifier_ORCID ..._atom_site.occupancy / _audit_author.identifier_ORCID / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine ammonia-lyase 1
B: Phenylalanine ammonia-lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,0964
ポリマ－155,6932
非ポリマー4022
水11,476637
1
A: Phenylalanine ammonia-lyase 1
B: Phenylalanine ammonia-lyase 1
ヘテロ分子

A: Phenylalanine ammonia-lyase 1
B: Phenylalanine ammonia-lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,1918
ポリマ－311,3864
非ポリマー8054
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area38720 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area80570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.878, 160.951, 141.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1151-

HOH

21B-1207-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phenylalanine ammonia-lyase 1


分子量: 77846.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Petroselinum crispum (オランダゼリ)
遺伝子: PAL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P24481, phenylalanine ammonia-lyase
#2: 化合物 ChemComp-PPH / [(1R)-1-amino-2-phenylethyl]phosphonic acid / [(R)-α-アミノフェネチル]ホスホン酸


タイプ: peptide-like / 分子量: 201.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H12NO3P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350 20-26 m/V% NaFormiate 100-300 mM TRIS 50 mM
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→38.7 Å / Num. obs: 141190 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 30.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 8.52
反射 シェル解像度: 1.72→1.77 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 9135 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F6T

6f6t


解像度: 1.76→38.7 Å / SU ML: 0.2217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.0039
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2046 1982 1.49 %
Rwork0.168 --
obs0.1685 133326 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→38.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10245 0 26 637 10908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007810491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82514200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05171632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00571841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.14553871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.80.32771400.32399301X-RAY DIFFRACTION99.67
1.8-1.850.33621400.29479305X-RAY DIFFRACTION99.64
1.85-1.910.3451410.27659287X-RAY DIFFRACTION99.6
1.91-1.970.29021400.2629319X-RAY DIFFRACTION99.6
1.97-2.040.27781410.23389344X-RAY DIFFRACTION99.63
2.04-2.120.24581410.20819336X-RAY DIFFRACTION99.84
2.12-2.220.22451410.18359350X-RAY DIFFRACTION99.99
2.22-2.330.24241420.17479380X-RAY DIFFRACTION99.93
2.33-2.480.24621390.16889219X-RAY DIFFRACTION98.26
2.48-2.670.19831410.16259341X-RAY DIFFRACTION99.26
2.67-2.940.20811430.16289439X-RAY DIFFRACTION99.98
2.94-3.370.18621420.15759451X-RAY DIFFRACTION99.94
3.37-4.240.16051440.13299521X-RAY DIFFRACTION99.97
4.24-38.710.16681470.1439751X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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