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- PDB-6hns: Structure of Nitrincola lacisaponensis flavin-containing monooxyg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hns
タイトルStructure of Nitrincola lacisaponensis flavin-containing monooxygenase (FMO) in complex with FAD and NADP+
要素Small molecule metabolism
キーワードFLAVOPROTEIN / drug metabolism / monooxygenase / thermostability / indigo
機能・相同性
機能・相同性情報


N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Small molecule metabolism
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrincola lacisaponensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Fiorentini, F. / Mattevi, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
イタリア
引用ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2019
タイトル: Characterization of a thermostable flavin-containing monooxygenase from Nitrincola lacisaponensis (NiFMO).
著者: Loncar, N. / Fiorentini, F. / Bailleul, G. / Savino, S. / Romero, E. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2018年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small molecule metabolism
B: Small molecule metabolism
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3428
ポリマ－105,2352
非ポリマー3,1076
水8,377465
1
A: Small molecule metabolism
ヘテロ分子

A: Small molecule metabolism
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3428
ポリマ－105,2352
非ポリマー3,1076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area9290 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area30590 Å2
手法PISA
2
B: Small molecule metabolism
ヘテロ分子

B: Small molecule metabolism
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3428
ポリマ－105,2352
非ポリマー3,1076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area9170 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area30180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.057, 125.611, 144.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-650-

HOH

21A-826-

HOH

31B-806-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Small molecule metabolism


分子量: 52617.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrincola lacisaponensis (バクテリア)
遺伝子: ADINL_0099 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A063Y6V3
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 8 / 詳細: 0.2 Mg formate, 20% W/V PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→47.48 Å / Num. obs: 93414 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Num. unique obs: 4431 / CC1/2: 0.585 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VQ7

2vq7


解像度: 1.84→47.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.332 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21724 4601 4.9 %RANDOM
Rwork0.18149 ---
obs0.18325 88765 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.84→47.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7227 0 204 465 7896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0147677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6161.69510468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0241.65614814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1935883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.34421.849449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.638151149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4771551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8152.5223538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8142.5223537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3563.7734419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3553.7744420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5392.744135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5382.7394136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7044.0216049
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.49528.9099204
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.48228.7959129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 337 -
Rwork0.29 6332 -
obs--97.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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