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- PDB-6hjl: Affimer:BclxL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hjl
タイトルAffimer:BclxL
要素
  • (Affimer ADB13) x 2
  • (Bcl-2-like protein 1) x 2
キーワードPROTEIN BINDING / Affimer
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of developmental process / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / RAS processing / male gonad development / endocytosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / synaptic vesicle membrane / channel activity / neuron apoptotic process / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear membrane / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Miles, J.A. / Trinh, C.H. / Tomlinson, D.C. / Wilson, A.J. / Edwards, T.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/N013573/1 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Selective Affimers Recognize BCL-2 Family Proteins Through Non-Canonical Structural Motifs
著者: Miles, J.A. / Hobor, F. / Taylor, J. / Tiede, C. / Rowell, P.R. / Trinh, C.H. / Jackson, J. / Nadat, F. / Kyle, H.F. / Wicky, B.I.M. / Clarke, J. / Tomlinson, D.C. / Wilson, A.J. / Edwards, T.A.
履歴
登録2018年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1
C: Affimer ADB13
D: Affimer ADB13
E: Bcl-2-like protein 1
F: Bcl-2-like protein 1
H: Affimer ADB13
G: Affimer ADB13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4688
ポリマ－106,4688
非ポリマー00
水4,684260
1
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1
C: Affimer ADB13
D: Affimer ADB13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4414
ポリマ－53,4414
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
2
E: Bcl-2-like protein 1
F: Bcl-2-like protein 1
H: Affimer ADB13
G: Affimer ADB13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0274
ポリマ－53,0274
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.270, 87.290, 112.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 16073.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 15902.764 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#3: タンパク質 Affimer ADB13


分子量: 10732.296 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Affimer ADB13


分子量: 10489.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9174 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9174 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→55.76 Å / Num. obs: 62008 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→55.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 11.024 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.212 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26664 3227 4.9 %RANDOM
Rwork0.21499 ---
obs0.21753 62008 97.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 67.665 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-5.71 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---1.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→55.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7447 0 0 260 7707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0197633
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.93110315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.971315983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.335896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82724.527391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.037151309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9171535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3116.5923626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.3116.593625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.8739.8674508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.8729.8694509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4497.1074007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4497.1084008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.50310.4135808
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.13372.7188763
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.11272.6618756
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 254 -
Rwork0.35 4587 -
obs--98.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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