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- PDB-6hik: X-ray structure of TEAD4(Y429H) mutant) complexed with YAP (wildt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hik
タイトルX-ray structure of TEAD4(Y429H) mutant) complexed with YAP (wildtype): Molecular and structural characterization of a TEAD mutation at the origin of Sveinsson's chorioretinal atrophy
要素
  • Transcriptional coactivator YAP1
  • Transcriptional enhancer factor TEF-3
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


trophectodermal cell fate commitment / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / polarized epithelial cell differentiation / bud elongation involved in lung branching ...trophectodermal cell fate commitment / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / polarized epithelial cell differentiation / bud elongation involved in lung branching / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / heart process / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell proliferation / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / intestinal epithelial cell development / tissue homeostasis / Formation of axial mesoderm / negative regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / proline-rich region binding / Signaling by Hippo / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / cell fate specification / organ growth / negative regulation of epithelial cell differentiation / muscle organ development / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / Zygotic genome activation (ZGA) / regulation of neurogenesis / somatic stem cell population maintenance / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / embryonic organ development / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / Nuclear signaling by ERBB4 / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / embryo implantation / response to progesterone / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / skeletal system development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / wound healing / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / cell morphogenesis / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell-cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Virus Scaffolding Protein; Chain A / Virus Scaffolding Protein; Chain A - #10 / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily ...Virus Scaffolding Protein; Chain A / Virus Scaffolding Protein; Chain A - #10 / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Other non-globular / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Special / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / PHOSPHATE ION / Transcriptional coactivator YAP1 / Transcriptional enhancer factor TEF-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kallen, J.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Molecular and structural characterization of a TEAD mutation at the origin of Sveinsson's chorioretinal atrophy.
著者: Bokhovchuk, F. / Mesrouze, Y. / Izaac, A. / Meyerhofer, M. / Zimmermann, C. / Fontana, P. / Schmelzle, T. / Erdmann, D. / Furet, P. / Kallen, J. / Chene, P.
履歴
登録2018年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
L: Transcriptional coactivator YAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4415
ポリマ－30,0232
非ポリマー4183
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.843, 58.843, 159.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-746-

HOH

21L-139-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-3 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / Transcription factor 13-like 1 / Transcription factor RTEF-1


分子量: 25475.693 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, YAP binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD4, RTEF1, TCF13L1, TEF3 / プラスミド: pET28-derived vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15561
#2: タンパク質・ペプチド Transcriptional coactivator YAP1 / Yes-associated protein 1 / Protein yorkie homolog / Yes-associated protein YAP65 homolog


分子量: 4547.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46937
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1.4M Na/K PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99981 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日
放射モノクロメーター: SI 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→19.95 Å / Num. obs: 34599 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 21 / Num. measured all: 449159
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rpim(I) all: 0.88 / Rrim(I) all: 1.05 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GE3

6ge3


解像度: 1.65→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.037 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.1204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.107
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 1730 5 %RANDOM
Rwork0.2245 ---
obs0.2252 32868 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.58 Å2 / Biso mean: 23.128 Å2 / Biso min: 11.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2079 0 25 203 2307
Biso mean--32.97 32.18 -
残基数----256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0231.963067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1735284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.37724.128109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.63915390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6321511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211722
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 125 -
Rwork0.303 2377 -
all-2502 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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