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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hi3 | ||||||
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タイトル | The ATAD2 bromodomain in complex with compound 4 | ||||||
![]() | ATPase family AAA domain-containing protein 2 | ||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / Bromodomain / ATAD2 / inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sledz, P. / Caflisch, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Hitting a Moving Target: Simulation and Crystallography Study of ATAD2 Bromodomain Blockers. 著者: Dolbois, A. / Batiste, L. / Wiedmer, L. / Dong, J. / Brutsch, M. / Huang, D. / Deerain, N.M. / Spiliotopoulos, D. / Cheng-Sanchez, I. / Laul, E. / Nevado, C. / Sledz, P. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 704.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 706.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5f36SC ![]() 6epjC ![]() 6eptC ![]() 6epuC ![]() 6epvC ![]() 6epxC ![]() 6hi4C ![]() 6hi5C ![]() 6hi6C ![]() 6hi7C ![]() 6hi8C ![]() 6hiaC ![]() 6hibC ![]() 6hicC ![]() 6hidC ![]() 6hieC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-G7B / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.57 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000031 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→47.971 Å / Num. obs: 18376 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.64 % / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 12.43 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 7.05 % / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 2956 / CC1/2: 0.839 / Rrim(I) all: 1.024 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5F36 解像度: 2.4→47.971 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 39.38
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.971 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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