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万見
- PDB-6hfb: Outward-facing conformation of a multidrug resistance MATE family... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hfb
タイトルOutward-facing conformation of a multidrug resistance MATE family transporter of the MOP superfamily.
要素Uncharacterized protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORTER
機能・相同性: / : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / : / MATE family efflux transporter
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.495 Å
データ登録者Nonaka, T. / Zakrzewska, S. / Safarian, S. / Michel, H.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Inward-facing conformation of a multidrug resistance MATE family transporter.
著者: Zakrzewska, S. / Mehdipour, A.R. / Malviya, V.N. / Nonaka, T. / Koepke, J. / Muenke, C. / Hausner, W. / Hummer, G. / Safarian, S. / Michel, H.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,62016
ポリマ－209,0264
非ポリマー1,59512
水00
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7885
ポリマ－52,2561
非ポリマー5324
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5223
ポリマ－52,2561
非ポリマー2662
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6554
ポリマ－52,2561
非ポリマー3993
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6554
ポリマ－52,2561
非ポリマー3993
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.752, 94.246, 138.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-502-

CS

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 52256.383 Da / 分子数: 4 / 変異: A298T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
遺伝子: PF0708 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U2X0
#2: 化合物
ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.93 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 2000 MME, 0.1 M ADA, pH 6.5, 0.15% octyl-beta-D-selenoglucoside; crystal soaking in 1 M CsCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.495→47.13 Å / Num. obs: 54531 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/av σ(I): 15.1 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.495→3.62 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 2738 / CC1/2: 0.908 / Rpim(I) all: 0.188 / Rrim(I) all: 0.37 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MLB

4mlb


解像度: 3.495→19.999 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 2711 5 %
Rwork0.189 --
obs0.1915 54264 96.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.495→19.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13594 0 12 0 13606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41518813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4178159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4947-3.55790.3133960.26772330X-RAY DIFFRACTION82
3.5579-3.62590.31941530.26712723X-RAY DIFFRACTION97
3.6259-3.69950.36011430.2492689X-RAY DIFFRACTION97
3.6995-3.77940.31731590.22192808X-RAY DIFFRACTION98
3.7794-3.86670.26661460.20762745X-RAY DIFFRACTION98
3.8667-3.96270.3481410.20662788X-RAY DIFFRACTION98
3.9627-4.0690.22551400.18882709X-RAY DIFFRACTION97
4.069-4.18770.21831460.17942758X-RAY DIFFRACTION98
4.1877-4.32150.23781410.1732750X-RAY DIFFRACTION97
4.3215-4.47430.20321390.16872687X-RAY DIFFRACTION96
4.4743-4.65130.20931530.16562723X-RAY DIFFRACTION97
4.6513-4.86010.20831410.16172732X-RAY DIFFRACTION98
4.8601-5.11230.20971520.17312775X-RAY DIFFRACTION98
5.1123-5.42660.27231550.19812805X-RAY DIFFRACTION98
5.4266-5.83590.25551600.21672706X-RAY DIFFRACTION98
5.8359-6.40560.28151510.21542693X-RAY DIFFRACTION96
6.4056-7.29290.24561410.18682758X-RAY DIFFRACTION96
7.2929-9.04450.15291360.13942708X-RAY DIFFRACTION97
9.0445-19.99920.20691180.18192666X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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