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- PDB-6hep: Crystal structure of human 14-3-3 beta in complex with CFTR R-dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hep
タイトルCrystal structure of human 14-3-3 beta in complex with CFTR R-domain peptide pS753-pS768
要素
  • 14-3-3 protein beta/alpha
  • Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 / CFTR / multivalency
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / negative regulation of protein dephosphorylation / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / cytoplasmic sequestering of protein / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking ...positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / negative regulation of protein dephosphorylation / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / cytoplasmic sequestering of protein / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / amelogenesis / chloride channel inhibitor activity / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / Golgi-associated vesicle membrane / MTOR signalling / multicellular organismal-level water homeostasis / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / membrane hyperpolarization / cholesterol transport / Rap1 signalling / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / vesicle docking involved in exocytosis / chloride channel regulator activity / Signaling by Hippo / vacuolar membrane / chloride transmembrane transporter activity / sperm capacitation / Frs2-mediated activation / chloride channel activity / positive regulation of catalytic activity / protein kinase inhibitor activity / RHOQ GTPase cycle / cholesterol biosynthetic process / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of exocytosis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chloride channel complex / Regulation of localization of FOXO transcription factors / phosphoserine residue binding / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / ABC-type transporter activity / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to cAMP / RHO GTPases activate PKNs / cellular response to forskolin / chloride transmembrane transport / isomerase activity / response to endoplasmic reticulum stress / establishment of localization in cell / PDZ domain binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / Defective CFTR causes cystic fibrosis / RAF activation / Late endosomal microautophagy / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / MAP2K and MAPK activation / ABC-family proteins mediated transport / recycling endosome / transmembrane transport / histone deacetylase binding / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / Negative regulation of MAPK pathway / recycling endosome membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / early endosome membrane / protein-folding chaperone binding / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / apical plasma membrane / protein domain specific binding / lysosomal membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface
類似検索 - 分子機能
: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein ...: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ETE / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / 14-3-3 protein beta/alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Stevers, L.M. / Ottmann, C. / Brunsveld, L.
資金援助 オランダ, 3件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research024.001.035 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research2012 022.004.027 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research016.150.366 オランダ
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: A Thermodynamic Model for Multivalency in 14-3-3 Protein-Protein Interactions.
著者: Stevers, L.M. / de Vink, P.J. / Ottmann, C. / Huskens, J. / Brunsveld, L.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein beta/alpha
B: 14-3-3 protein beta/alpha
C: 14-3-3 protein beta/alpha
D: 14-3-3 protein beta/alpha
E: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
F: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8808
ポリマ－114,4636
非ポリマー4172
水13,241735
1
A: 14-3-3 protein beta/alpha
B: 14-3-3 protein beta/alpha
E: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4404
ポリマ－57,2323
非ポリマー2081
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23340 Å2
手法PISA
2
C: 14-3-3 protein beta/alpha
D: 14-3-3 protein beta/alpha
F: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4404
ポリマ－57,2323
非ポリマー2081
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area22280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.619, 111.599, 130.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein beta/alpha / Protein 1054 / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26987.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31946
#2: タンパク質・ペプチド Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP- ...CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP-dependent chloride channel


分子量: 3256.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13569, EC: 3.6.3.49
#3: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris, 25% v/v PEG350 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.07027 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07027 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→70.62 Å / Num. obs: 231938 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.3 % / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.68→10 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3139: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.86→65.375 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 4375 5.04 %
Rwork0.201 --
obs0.2035 86831 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→65.375 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7585 0 28 735 8348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7910421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1326229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.88110.31151260.28682662X-RAY DIFFRACTION99
1.8811-1.90330.39451380.28822730X-RAY DIFFRACTION99
1.9033-1.92650.32021230.28342715X-RAY DIFFRACTION99
1.9265-1.95090.27441570.27012737X-RAY DIFFRACTION100
1.9509-1.97650.3641470.26272724X-RAY DIFFRACTION100
1.9765-2.00360.31141460.24022749X-RAY DIFFRACTION100
2.0036-2.03230.30271480.23562688X-RAY DIFFRACTION100
2.0323-2.06260.26961400.22372752X-RAY DIFFRACTION99
2.0626-2.09480.27121400.21962694X-RAY DIFFRACTION99
2.0948-2.12920.25511440.21652658X-RAY DIFFRACTION97
2.1292-2.16590.26691540.21782654X-RAY DIFFRACTION97
2.1659-2.20530.25881430.21162742X-RAY DIFFRACTION100
2.2053-2.24770.231460.20882716X-RAY DIFFRACTION100
2.2477-2.29360.27311700.19882753X-RAY DIFFRACTION100
2.2936-2.34340.26611470.19572724X-RAY DIFFRACTION100
2.3434-2.3980.22961470.18872737X-RAY DIFFRACTION100
2.398-2.45790.21641440.18892749X-RAY DIFFRACTION100
2.4579-2.52440.2731430.19042782X-RAY DIFFRACTION100
2.5244-2.59870.27841390.19472746X-RAY DIFFRACTION100
2.5987-2.68260.23521420.20172748X-RAY DIFFRACTION100
2.6826-2.77840.27151820.19732729X-RAY DIFFRACTION100
2.7784-2.88970.26271480.20182738X-RAY DIFFRACTION100
2.8897-3.02120.24011360.20352759X-RAY DIFFRACTION98
3.0212-3.18050.2451500.20122757X-RAY DIFFRACTION99
3.1805-3.37970.22981340.18822824X-RAY DIFFRACTION100
3.3797-3.64070.23011300.19192786X-RAY DIFFRACTION100
3.6407-4.0070.22211440.17862809X-RAY DIFFRACTION100
4.007-4.58670.23131500.16752791X-RAY DIFFRACTION99
4.5867-5.77820.24311420.19072851X-RAY DIFFRACTION99
5.7782-100.22591750.19452952X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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