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万見
- PDB-6he2: Crystal structure of an open conformation of 2-Hydroxyisobutyryl-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6he2
タイトルCrystal structure of an open conformation of 2-Hydroxyisobutyryl-CoA Ligase (HCL) in complex with 2-HIB-AMP and CoA
要素2-hydroxyisobutyryl-CoA synthetase
キーワードLIGASE / 2-hydroxyisobutyrate CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / ligase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
AMP-dependent ligase, C-terminal / AMP-binding enzyme C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8LE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / COENZYME A / 2-hydroxyisobutyryl-CoA synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquincola tertiaricarbonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zahn, M. / Rohwerder, T. / Strater, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structures of 2-Hydroxyisobutyric Acid-CoA Ligase Reveal Determinants of Substrate Specificity and Describe a Multi-Conformational Catalytic Cycle.
著者: Zahn, M. / Kurteva-Yaneva, N. / Schuster, J. / Krug, U. / Georgi, T. / Muller, R.H. / Rohwerder, T. / Strater, N.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxyisobutyryl-CoA synthetase
B: 2-hydroxyisobutyryl-CoA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,9828
ポリマ－111,8862
非ポリマー3,0966
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area35770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.852, 101.847, 109.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2-hydroxyisobutyryl-CoA synthetase


分子量: 55943.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquincola tertiaricarbonis (バクテリア)
遺伝子: hcl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I3VE75, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-8LE / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] 2-methyl-2-oxidanyl-propanoate


分子量: 433.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N5O9P
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M TRIS PH 8.0, 24% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 47279 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 45.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 6830 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.3精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y4O

2y4o


解像度: 2.3→39.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.287 / SU Rfree Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.203
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1467 3.11 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 47200 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.0457 Å20 Å20 Å2
2--6.72 Å20 Å2
3---6.3257 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7010 0 200 291 7501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097414HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0210091HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2531SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes163HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1141HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7414HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.37
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion914SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies36HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8275SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 112 3.24 %
Rwork0.1982 3346 -
all0.2003 3458 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39810.0345-0.17310.7113-0.29951.08580.0731-0.0023-0.0843-0.0536-0.054-0.06830.19650.0961-0.0191-0.01790.0551-0.0046-0.1140.0115-0.09649.5441-8.4909-11.9939
22.32820.5972-0.83993.3314-1.15795.23530.01160.08590.01690.0792-0.1201-0.09420.08840.12140.1086-0.12530.0457-0.063-0.0633-0.0062-0.068924.7961-17.928317.4373
31.39010.21550.09211.26550.00490.6007-0.03310.00860.1979-0.06070.02380.21-0.017-0.11670.0093-0.0830.01380.0022-0.09790.0025-0.0621-21.52388.8372-15.1667
40-0.4144-1.31030.89131.19292.6690.00430.05790.0180.104-0.00590.0005-0.0035-0.05060.00160.01460.152-0.14420.0552-0.1482-0.0964-39.930418.625610.9395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|-4 - A|359}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|360 - A|462}
3X-RAY DIFFRACTION3{B|-2 - B|359}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|360 - B|459}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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