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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ham | ||||||
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タイトル | Adenylate kinase | ||||||
![]() | Adenylate kinase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kantaev, R. / Inbal, R. / Goldenzweig, A. / Barak, Y. / Dym, O. / Peleg, Y. / Albek, S. / Fleishman, S.J. / Haran, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Manipulating the Folding Landscape of a Multidomain Protein. 著者: Kantaev, R. / Riven, I. / Goldenzweig, A. / Barak, Y. / Dym, O. / Peleg, Y. / Albeck, S. / Fleishman, S.J. / Haran, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 23696.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: adk, dnaW, plsA, b0474, JW0463 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-AP5 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 % |
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結晶化![]() | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 14% PEG 4000 0.05M Tris pH=8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.55→46.73 Å / Num. obs: 8598 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.02 / Net I/σ(I): 23.43 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 864 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.55→58.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 10.072 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.594 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.487 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.55→58.44 Å
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拘束条件 |
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