PDB-6h91: Phosphorylated beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h91

タイトル

Phosphorylated beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in an open conformer to 2.4 A

要素

Beta-phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase / phospho-enzyme / acetylphosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Robertson, A.J. / Bisson, C. / Waltho, J.P.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Transition state of phospho-enzyme hydrolysis in beta-phosphoglucomutase
著者: Robertson, A.J. / Bisson, C. / Waltho, J.P.

履歴

登録	2018年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h91.cif.gz	100.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h91.ent.gz	75.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h91_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h91_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6h91_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	6h91_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h92C 2wheS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h90-d 2whe-d 4eel-d 6hdi-2 4een-d 6ydm-1 3fm9-d 6h92-1 3mpk-d 3orl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-phosphoglucomutase

B: Beta-phosphoglucomutase

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-phosphoglucomutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology, Solution Nuclear Magnetic Resonance data of PGM incubated with acetylphosphate demonstrates that phospho-enzyme is formed as is presented in the crystal structure.
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-phosphoglucomutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.330, 117.230, 52.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-phosphoglucomutase / Beta-PGM 分子量: 24319.574 Da / 分子数: 2 / 変異: K125R, Y206H / 由来タイプ: 組換発現詳細: Residue D8 is modified by phosphorylation in the pre-formed crystal. 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌) 遺伝子: pgmB, LL0429, L0001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-UVW / ACETYLPHOSPHATE / アセチルりん酸分子量: 140.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅O₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 24-34% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 50 mM TRIS pH 7.5, The crystal was cryoprotected in its original mother liquor plus an additional 25% ethylene glycol and 30mM acetylphosphate. PH範囲: 7.2 / Temp details: 100

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97779 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→58.62 Å / Num. obs: 18430 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.38→2.44 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.597 / Num. unique obs: 1355 / CC_1/2: 0.526 / R_pim(I) all: 0.438 / R_rim(I) all: 0.813 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
Coot	0.8.7	モデル構築
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WHE

2whe

解像度: 2.38→58.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 13.495 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.537 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29875	945	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2188	-	-	-
obs	0.22299	17460	99.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.24 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.38→58.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3368	0	22	112	3502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.986	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.967	3	7623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.588	5	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.525	25.6	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.438	15	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.516	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.183	3.948	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.182	3.948	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.38	5.918	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.379	5.919	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.345	4.21	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.345	4.211	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.78	6.19	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.735	46.826	3769
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.74	46.834	3769
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.414	56	-
R_work	0.301	1296	-
obs	-	-	98.76 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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