PDB-6h8a: MamM CTD D249N - Cadmium form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h8a

タイトル

MamM CTD D249N - Cadmium form

要素

Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

キーワード

METAL TRANSPORT / Cation diffusion facilitator / magnetotactic bacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Barber-Zucker, S. / Zarivach, R.

資金援助

イスラエル, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: MamM CTD D249N - Cadmium form
著者: Barber-Zucker, S. / Zarivach, R.

履歴

登録	2018年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h8a.cif.gz	50.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h8a.ent.gz	34.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h8a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h8a_validation.pdf.gz	929.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h8a_full_validation.pdf.gz	930.1 KB	表示
XML形式データ	6h8a_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	6h8a_validation.cif.gz	7.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/6h8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/6h8a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w5xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6gmt-1 6h85-1 6h8i-1 6h83-1 6h81-1 6h84-1 6gmv-1 6h8d-1 6h9q-1 6h5v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

A: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.844, 94.661, 53.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- SO4

#1: タンパク質	Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family / MamM protein 分子量: 11909.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: mamM, mgI491, MGR_4095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M BIS-TRIS pH=5.5, 25% PEG 3350, 1.7mM CdCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.33 Å / Num. obs: 9025 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 12.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 533 / CC_1/2: 0.666 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0216	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W5X

3w5x

解像度: 1.8→47.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 6.304 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23669	908	10.1 %	RANDOM
R_work	0.19241	-	-	-
obs	0.1968	8103	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.058 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.84 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.44 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→47.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	622	0	15	55	692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	671
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.592	1.939	910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.766	3.001	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.078	5	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.834	23.143	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.586	15	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.736	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	757
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.895	1.692	330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.892	1.686	329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.451	2.52	414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.449	2.527	415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.25	2.061	341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.232	2.06	341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.602	2.976	494
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.695	21.285	726
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.698	21.372	727
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	63	-
R_work	0.337	606	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 37.442 Å / Origin y: 14.151 Å / Origin z: -0.523 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0296 Å²	-0.0079 Å²	-0.0175 Å²	-	0.0203 Å²	-0.0255 Å²	-	-	0.0841 Å²
L	1.1272 °²	-0.7526 °²	-0.3737 °²	-	6.9353 °²	2.9679 °²	-	-	4.5759 °²
S	0.1042 Å °	-0.1424 Å °	0.1359 Å °	0.0743 Å °	0.0761 Å °	-0.0765 Å °	0.1865 Å °	0.1175 Å °	-0.1803 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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