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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h7u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a POT family transporter in complex with 5-aminolevulinic acid | ||||||
![]() | Peptide ABC transporter permease | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / POT family transporter / Major Facilitator Superfamily / peptide complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minhas, G.S. / Newstead, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for prodrug recognition by the SLC15 family of proton-coupled peptide transporters. 著者: Minhas, G.S. / Newstead, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 644.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 648.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53879.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BL313_09825 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FVT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5 詳細: 26-27% (v/v) PEG 200, 220 mM (NH4)2HPO4, and 110 mM sodium citrate (pH 5.0). Ligand: 20mM 5-ALA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8729 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→45.21 Å / Num. obs: 16496 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 73.59 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 7.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6EXS 解像度: 2.8→40.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.779 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.737 / SU R Cruickshank DPI: 1.636 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.277 / SU Rfree Blow DPI: 0.421 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.436
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原子変位パラメータ | Biso max: 195.35 Å2 / Biso mean: 71.38 Å2 / Biso min: 27.52 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→40.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 43
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