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万見
- PDB-6h6p: UbiJ-SCP2 Ubiquinone synthesis protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h6p
タイトルUbiJ-SCP2 Ubiquinone synthesis protein
要素Ubiquinone biosynthesis protein UbiJ
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / SCP2 Lipid binding protein Ubiquinone synthesis protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquinone biosynthetic process from chorismate / ubiquinone biosynthesis complex / ubiquinone biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquinone biosynthesis accessory factor UbiJ / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquinone biosynthesis accessory factor UbiJ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fyfe, C.D. / Legrand, P. / Pecqueur, L. / Ciccone, L. / Lombard, M. / Fontecave, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
フランス
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: A Soluble Metabolon Synthesizes the Isoprenoid Lipid Ubiquinone.
著者: Hajj Chehade, M. / Pelosi, L. / Fyfe, C.D. / Loiseau, L. / Rascalou, B. / Brugiere, S. / Kazemzadeh, K. / Vo, C.D. / Ciccone, L. / Aussel, L. / Coute, Y. / Fontecave, M. / Barras, F. / Lombard, M. / Pierrel, F.
履歴
登録2018年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinone biosynthesis protein UbiJ
B: Ubiquinone biosynthesis protein UbiJ
C: Ubiquinone biosynthesis protein UbiJ
D: Ubiquinone biosynthesis protein UbiJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,72122
ポリマ－58,6034
非ポリマー1,11818
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.690, 94.550, 115.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Ubiquinone biosynthesis protein UbiJ


分子量: 14650.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ubiJ, yigP, b3834, JW3811 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADP7
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 225 mM Calcium Chloride, 100 mM MMT buffer pH 9, 11% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.28 Å / Num. obs: 18749 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 72.21 Å2 / Net I/σ(I): 9.13
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H6N

6h6n


解像度: 2.5→47.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.584 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.589 / SU Rfree Blow DPI: 0.319 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.321
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 938 5 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.236 18749 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 79.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8724 Å20 Å20 Å2
2---3.3669 Å20 Å2
3---8.2393 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3579 0 48 89 3716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013710HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.275062HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1315SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes85HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes526HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3710HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion480SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4092SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 149 5 %
Rwork0.224 2831 -
all0.226 2980 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8796-0.48610.73014.13252.30046.4022-0.0781-0.0870.183-0.2995-0.1373-0.0616-0.5656-0.38540.2153-0.63190.042-0.0191-0.8711-0.0731-0.6931-14.904114.1337-2.1779
22.04040.5719-0.62842.5751.48523.56460.07480.0176-0.02520.2087-0.00960.08930.5228-0.0716-0.0652-0.67390.0124-0.0145-0.90460.0106-0.7355-6.2716-14.4072-1.8235
33.3259-0.0998-0.59872.50260.64694.7842-0.00370.0154-0.1008-0.0279-0.05220.2291-0.2579-0.42290.0559-0.79590.0252-0.0301-0.7679-0.0326-0.7507-23.89038.021724.014
46.8148-1.1862-0.24723.04690.96973.842-0.1662-0.2173-0.1180.23960.0583-0.43240.33010.42670.1079-0.78310.02550.0238-0.8175-0.0365-0.7698-0.415-9.587724.0835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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