PDB-6h53: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis phosphatidylinosi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h53

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis phosphatidylinositol phosphate synthase (PgsA1) in apo form

要素

CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Phosphotransferase Glycerophospholipid metabolism Metal binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

CDP-diacylglycerol-inositol 3-phosphatidyltransferase activity / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / glycerophospholipid biosynthetic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / phospholipid biosynthetic process / plasma membrane => GO:0005886 / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Grave, K. / Hogbom, M.

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Structure ofMycobacterium tuberculosisphosphatidylinositol phosphate synthase reveals mechanism of substrate binding and metal catalysis.
著者: Grave, K. / Bennett, M.D. / Hogbom, M.

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h53.cif.gz	226.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h53.ent.gz	185.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h53.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h53_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h53_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6h53_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	6h53_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/6h53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/6h53	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h59C 6h5aC 5d91S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ns7-2 4s0t-3 1li4-d 2isg-2 2ish-2 4ja7-d 4aqk-d 3o7p-d 2jgk-1 3zlu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase

B: CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase

ヘテロ分子

49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.726, 72.896, 102.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 17 through 114 or resid 116 through 209))
2	1	(chain B and (resid 17 through 114 or resid 116 through 209))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	ASP	ASP	(chain A and (resid 17 through 114 or resid 116 through 209))	A	A	17 - 114	17 - 114
1	2	PRO	PRO	MET	MET	(chain A and (resid 17 through 114 or resid 116 through 209))	A	A	116 - 209	116 - 209
2	1	THR	THR	ASP	ASP	(chain B and (resid 17 through 114 or resid 116 through 209))	B	B	17 - 114	17 - 114
2	2	PRO	PRO	MET	MET	(chain B and (resid 17 through 114 or resid 116 through 209))	B	B	116 - 209	116 - 209

#1: タンパク質	CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase / Phosphatidylinositol synthase / PI synthase 分子量: 23274.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv / 遺伝子: pgsA1, Rv2612c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rossetta2 / 参照: UniProt: P9WPG6, UniProt: P9WPG7*PLUS, EC: 2.7.8.11
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-UPL / UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID / UNKNOWN PHOSPHOLIPID FRAGMENT 分子量: 478.920 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₇₀

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 33% PEG 400 (v/v), 0.1 M NaCl, 0.1 M MgSO4 , 0.1 M trisodium citrate dihydrate pH 6 and dCTP as an additive

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→45.196 Å / Num. obs: 12001 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 52.36 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.043 / R_sym value: 0.011 / Net I/σ(I): 12.44
反射シェル	解像度: 2.4→3 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.4783 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique obs: 1166 / CC_1/2: 0.948 / R_pim(I) all: 0.1976 / R_rim(I) all: 0.5182 / % possible all: 99.32

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.82 Å	45.2 Å
Translation	3.82 Å	45.2 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHASER	2.8.0	位相決定
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D91

5d91

解像度: 2.9→41.91 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.21

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2613	600	5 %	Random selection
R_work	0.2195	-	-	-
obs	0.2217	11999	99.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 144.42 Å² / B_iso mean: 50.342 Å² / B_iso min: 18.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→41.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2855	0	237	0	3092
B_iso mean	-	-	55.74	-	-
残基数	-	-	-	-	381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	4076
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	497
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.142	1749

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2180	X-RAY DIFFRACTION	8.24	TORSIONAL
1	2	B	2180	X-RAY DIFFRACTION	8.24	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.9001-3.1918	0.2554	148	0.2072	2799	100
3.1918-3.6534	0.2697	148	0.2152	2807	100
3.6534-4.602	0.2649	149	0.1971	2843	100
4.602-10	0.2563	155	0.2465	2950	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0202	-0.263	0.017	4.4583	1.3844	0.435	-0.568	0.6582	0.2212	-0.606	0.5568	-0.3557	-0.2472	1.5978	0.1192	0.2932	-0.0756	-0.0317	0.9146	-0.1028	0.3646	-1.5628	5.7805	-7.5741
2	1.7957	-1.2883	-3.9298	1.9349	1.5459	2.0007	-0.2114	1.2786	0.5167	-0.4929	0.0807	-0.2904	0.7638	-0.5578	0.215	0.3817	-0.1292	0.1214	0.7367	0.001	0.4316	-4.5841	12.4013	-7.2931
3	1.9121	0.1063	0.0022	1.8302	1.6035	4.6194	-0.0006	0.1335	0.0622	-0.1478	-0.1083	-0.0255	-0.208	-0.1263	0.0947	0.3393	0.0462	0.0014	0.3087	-0.0014	0.281	-18.4772	6.3409	-4.5249
4	2.2825	1.9446	1.4551	2.4186	2.0504	1.7891	-0.111	0.8311	0.9477	-0.3179	-0.4424	0.1195	-1.3216	0.3951	0.2842	0.7218	0.1493	0.0619	0.4829	0.2552	0.5326	-25.0606	13.9347	-17.5959
5	3.9059	-0.9201	-1.4004	3.622	0.5304	2.937	-0.0741	-0.3868	0.4999	0.1476	-0.4266	0.5087	0.4601	0.268	0.2635	0.4653	-0.1062	0.0621	0.4067	0.0075	0.315	-12.5575	19.4679	5.518
6	4.6007	0.6202	1.4503	0.8414	0.2931	6.9552	-0.3496	0.6914	0.6937	-0.2252	-0.4454	0.4639	0.2088	-0.187	-0.0556	0.3927	0.0493	0.01	0.2781	0.005	0.3205	-29.887	14.3299	-9.0964
7	1.4222	-0.2667	-0.4663	3.2391	-0.1469	0.4982	-0.0338	0.0652	0.0751	-0.3808	-0.2247	0.6927	0.5257	-0.9591	0.0307	0.4509	-0.1523	-0.0118	0.85	-0.1721	0.6853	-44.2952	-1.2935	-7.0549
8	1.2963	-0.534	-0.7301	2.321	-2.0762	3.1927	0.219	0.4704	-0.0325	-0.6886	-0.5648	0.6378	0.6513	-0.5673	0.1466	0.6801	-0.1009	-0.1512	0.793	-0.1149	0.6808	-41.6608	-6.2051	-10.5704
9	2.1223	-0.5822	2.3385	2.8662	-1.1898	4.578	0.2199	-0.0953	0.0155	-0.27	-0.3537	0.3666	1.056	-0.853	-0.1544	0.333	-0.0514	0.0137	0.3462	-0.0366	0.2636	-30.6146	-0.112	-2.5816
10	2.8816	0.1384	-0.7795	2.0457	-0.0693	1.3993	0.1606	-0.0158	-0.2759	-0.1748	-0.0915	0.1152	0.8157	-0.49	0.0564	0.4769	0.0795	-0.0038	0.2584	-0.0661	0.3052	-20.6277	-3.9204	-5.9377
11	6.1682	-0.6983	1.0067	7.0938	-4.2724	2.6312	-0.16	0.6573	-0.0098	0.2284	0.1792	-0.0648	0.3658	-0.0718	0.0815	0.7437	-0.2252	-0.0817	0.2973	0.0453	0.4173	-30.4046	-13.6234	-0.9314
12	2.0537	0.6302	1.2306	1.7485	-0.3958	1.1709	0.1636	-0.0586	-0.557	0.0869	-0.0483	-0.0435	0.7862	0.1334	0.2078	0.5478	0.0286	-0.0973	0.1538	0.0401	0.3823	-19.9212	-10.6811	-7.2535

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 17 through 53 )	A	17 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 76 )	A	54 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 141 )	A	77 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 152 )	A	142 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 153 through 173 )	A	153 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 174 through 209 )	A	174 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 16 through 53 )	B	16 - 53
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 54 through 82 )	B	54 - 82
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 83 through 111 )	B	83 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 112 through 152 )	B	112 - 152
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 153 through 166 )	B	153 - 166
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 167 through 209 )	B	167 - 209

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