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万見
- PDB-6h2n: TarP-UDP-GlcNAc-Mg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h2n
タイトルTarP-UDP-GlcNAc-Mg
要素Probable ss-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Staphylococcus aureus / wall teichoic acid / inverting glycosyltransferase / GT-A fold
機能・相同性
機能・相同性情報


teichoic acid biosynthetic process / hexosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cell wall organization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl transferase TarS linker domain / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / Poly(ribitol-phosphate) beta-N-acetylglucosaminyltransferase TarP
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Guo, Y. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationTRR34, CRC766 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus alters cell wall glycosylation to evade immunity.
著者: Gerlach, D. / Guo, Y. / De Castro, C. / Kim, S.H. / Schlatterer, K. / Xu, F.F. / Pereira, C. / Seeberger, P.H. / Ali, S. / Codee, J. / Sirisarn, W. / Schulte, B. / Wolz, C. / Larsen, J. / ...著者: Gerlach, D. / Guo, Y. / De Castro, C. / Kim, S.H. / Schlatterer, K. / Xu, F.F. / Pereira, C. / Seeberger, P.H. / Ali, S. / Codee, J. / Sirisarn, W. / Schulte, B. / Wolz, C. / Larsen, J. / Molinaro, A. / Lee, B.L. / Xia, G. / Stehle, T. / Peschel, A.
履歴
登録2018年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ss-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase
B: Probable ss-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase
C: Probable ss-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,50333
ポリマ－119,6663
非ポリマー2,83730
水14,034779
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.850, 95.270, 130.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A18 - 61
2114B18 - 61
3114C18 - 61
1214A85 - 138
2214B85 - 138
3214C85 - 138
1314A151 - 190
2314B151 - 190
3314C151 - 190
1414A197 - 221
2414B197 - 221
3414C197 - 221
1514A244 - 345
2514B244 - 345
3514C244 - 345

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.394706, 0.744572, 0.538349), (-0.330852, -0.43144, 0.839284), (0.857172, -0.509384, 0.076051)-54.83687, 106.03783, 35.56931
3given(0.312528, -0.406315, 0.858623), (0.68502, -0.529807, -0.500052), (0.658084, 0.744454, 0.112755)33.97919, 114.03715, -60.24774

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Probable ss-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase


分子量: 39888.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: SA1808 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3JNB0

-
非ポリマー , 5種, 809分子

#2: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 25% PEG 3350, 250 mM magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 5.7.
PH範囲: 5.4-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.6 Å / Num. obs: 77771 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 1.95→47.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.237 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22613 3889 5 %RANDOM
Rwork0.17811 ---
obs0.18048 73882 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20.7 Å2
2--0.74 Å2-0 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→47.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7399 0 154 779 8332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0147662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2111.67710346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9061.65816037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.035931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93424.086372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.858151377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.661527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.362.2653739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.362.2653738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1283.3684659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1283.3684660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.752.5613923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7472.5613923
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6243.7795686
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.17122.05733311
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.1722.05733311
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3443 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.440.5
Bmedium positional0.380.5
Cmedium positional0.420.5
Amedium thermal2.382
Bmedium thermal2.412
Cmedium thermal1.542
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 287 -
Rwork0.31 5447 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7334-0.56760.45841.5619-0.65690.52460.16050.0885-0.1465-0.1423-0.081-0.03060.39810.1565-0.07950.73140.1740.03670.0917-0.00990.281845.965849.169734.3879
20.91260.8562-0.51541.8242-0.69180.3514-0.0210.00170.10170.05540.06290.0463-0.0446-0.0198-0.04190.10790.01920.02160.0059-0.00350.248157.4337100.76555.952
30.6621-0.3835-1.42410.63250.93433.17780.10620.0417-0.00750.2004-0.0912-0.036-0.1812-0.2044-0.0150.37810.04690.05910.14880.00780.296821.138199.908253.5644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 327
3X-RAY DIFFRACTION3C19 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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