+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h0x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of KDM4D with tetrazolylhydrazide ligand AA040 | ||||||
要素 | Lysine-specific demethylase 4D | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / KDM4D / ligand binding (リガンド) / Tetrazolylhydrazide / tetrazole (テトラゾール) / inhibitor design / cancer (悪性腫瘍) / epigenetics (エピジェネティクス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / regulation of protein phosphorylation / double-strand break repair via homologous recombination ...positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / regulation of protein phosphorylation / double-strand break repair via homologous recombination / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / site of double-strand break / 遺伝子発現の調節 / blood microparticle / damaged DNA binding / クロマチンリモデリング / 炎症 / クロマチン / 核質 / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | ||||||
データ登録者 | Malecki, P.H. / Weiss, M.S. / Heinemann, U. / Link, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of KDM4D with tetrazolylhydrazide ligand AA040 著者: Malecki, P.H. / Weiss, M.S. / Heinemann, U. / Link, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h0x.cif.gz | 154 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6h0x.ent.gz | 120 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h0x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0x | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 6etsS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39491.793 Da / 分子数: 1 / 断片: JMJD2D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4D, JHDM3D, JMJD2D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q6B0I6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6B0I6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む |
---|
-非ポリマー , 6種, 446分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NI / | #6: 化合物 | ChemComp-FJB / [[( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 100mM HEPES, 180mM ammonium sulphate, 24% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.64→48.171 Å / Num. obs: 48623 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 14.86 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rrim(I) all: 0.167 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 14.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ETS 解像度: 1.64→48.171 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.88
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.49 Å2 / Biso mean: 20.9608 Å2 / Biso min: 6.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.64→48.171 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
|