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- PDB-6h0h: The ABC transporter associated binding protein from B. animalis s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h0h
タイトルThe ABC transporter associated binding protein from B. animalis subsp. lactis Bl-04 in complex with beta-1,6-galactobiose
要素Probable solute binding protein of ABC transporter system for sugars
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / complex / ABC transporter / galactobiose
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / transmembrane transport / beta-D-galactopyranose / alpha-D-galactopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Probable solute binding protein of ABC transporter system for sugars
機能・相同性情報
生物種Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bl-04 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Fredslund, F. / Lo Leggio, L.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research4002-00297 デンマーク
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Substrate preference of an ABC importer corresponds to selective growth on beta-(1,6)-galactosides inBifidobacterium animalissubsp.lactis.
著者: Theilmann, M.C. / Fredslund, F. / Svensson, B. / Lo Leggio, L. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2018年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable solute binding protein of ABC transporter system for sugars
B: Probable solute binding protein of ABC transporter system for sugars
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,83412
ポリマ－92,7402
非ポリマー2,09410
水22,1761231
1
A: Probable solute binding protein of ABC transporter system for sugars
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3736
ポリマ－46,3701
非ポリマー1,0035
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable solute binding protein of ABC transporter system for sugars
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4616
ポリマ－46,3701
非ポリマー1,0915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.350, 71.690, 88.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable solute binding protein of ABC transporter system for sugars


分子量: 46370.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bl-04 (バクテリア)
株: AD011 / 遺伝子: BLA_0461 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: B8DWA9

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-6)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-6DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112h-1b_1-5]/1-1/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(6+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1235分子

#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.09 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10 % PEG 1000 10 % PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→30.211 Å / Num. obs: 130307 / % possible obs: 91.81 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 10.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04525 / Rpim(I) all: 0.02629 / Rrim(I) all: 0.05249 / Net I/σ(I): 18.59
反射 シェル解像度: 1.39→1.44 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3927 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 8129 / CC1/2: 0.799 / Rpim(I) all: 0.3028 / Rrim(I) all: 0.499 / % possible all: 57.69

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.39→30.211 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1464 6526 5.03 %
Rwork0.1161 --
obs0.1176 129669 91.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→30.211 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6354 0 138 1231 7723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9279721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5342623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761035
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.39-1.40580.23271540.21982410X-RAY DIFFRACTION54
1.4058-1.42230.24541180.20552531X-RAY DIFFRACTION57
1.4223-1.43970.22751550.19672761X-RAY DIFFRACTION62
1.4397-1.45790.2191650.18862951X-RAY DIFFRACTION67
1.4579-1.47710.21711830.18173216X-RAY DIFFRACTION72
1.4771-1.49730.20991870.17723495X-RAY DIFFRACTION78
1.4973-1.51870.20481890.16693888X-RAY DIFFRACTION87
1.5187-1.54140.192220.15954183X-RAY DIFFRACTION95
1.5414-1.56550.1792250.1434426X-RAY DIFFRACTION98
1.5655-1.59110.15432340.13834377X-RAY DIFFRACTION98
1.5911-1.61860.1542370.1344360X-RAY DIFFRACTION99
1.6186-1.6480.16382330.12584386X-RAY DIFFRACTION99
1.648-1.67970.16862300.12514412X-RAY DIFFRACTION99
1.6797-1.7140.1562270.12144430X-RAY DIFFRACTION99
1.714-1.75120.1642530.11574384X-RAY DIFFRACTION99
1.7512-1.7920.14382320.11424426X-RAY DIFFRACTION99
1.792-1.83680.15332390.114421X-RAY DIFFRACTION99
1.8368-1.88640.13671960.11014461X-RAY DIFFRACTION99
1.8864-1.94190.1412440.11244454X-RAY DIFFRACTION99
1.9419-2.00460.14772360.10744412X-RAY DIFFRACTION100
2.0046-2.07620.13912120.10134494X-RAY DIFFRACTION100
2.0762-2.15930.12522300.10014457X-RAY DIFFRACTION100
2.1593-2.25760.12552630.09634416X-RAY DIFFRACTION100
2.2576-2.37660.13772530.09744465X-RAY DIFFRACTION100
2.3766-2.52540.12492320.10124478X-RAY DIFFRACTION100
2.5254-2.72030.12862450.10454435X-RAY DIFFRACTION100
2.7203-2.99380.13752500.10994480X-RAY DIFFRACTION100
2.9938-3.42650.14492160.10724506X-RAY DIFFRACTION99
3.4265-4.3150.12152290.09774491X-RAY DIFFRACTION99
4.315-30.21780.1512370.134537X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4357-0.27510.00770.47250.27190.2965-0.0483-0.0669-0.0640.05780.03450.04610.1101-0.0292-00.1113-0.0024-0.01510.08380.01050.07417.712231.788672.5386
20.03370.0282-0.06810.12660.01080.1419-0.02730.036-0.02880.01930.0426-0.10.00410.104900.0982-0.01010.00510.1102-0.00630.115529.162429.509762.2962
30.4191-0.12440.37870.50830.17960.81180.0053-0.0628-0.05480.0297-0.0074-0.03540.12780.00730.00020.11840.0025-0.01520.0952-0.00060.085121.924625.927480.1465
40.47280.0257-0.11020.2408-0.13210.42680.00680.01070.06590.00750.01610.0367-0.0055-0.0627-00.1032-0.0074-0.00570.0854-0.00060.09738.638136.534568.9367
50.1354-0.02290.16340.28930.00930.2277-0.0942-0.0351-0.07150.06810.04190.01870.2323-0.059800.1451-0.0073-0.01350.10970.00690.094819.87824.995495.338
60.1870.11410.1390.2817-0.05810.2185-0.0440.0785-0.1315-0.0974-0.0256-0.0110.2034-0.014100.1328-0.00010.02310.1038-0.01740.138315.479453.362445.4284
70.6365-0.16970.24430.57550.20930.3406-0.0196-0.0214-0.02530.0244-0.0113-0.12720.01290.109700.0726-0.0014-0.00040.08380.00240.106621.57365.300354.2981
80.1875-0.33570.02370.6515-0.09690.74560.0267-0.02110.057-0.01670.0071-0.0133-0.0368-0.033-00.0656-0.0029-0.01280.0714-0.00720.06116.871472.29552.261
90.24570.01820.24480.896-0.18840.9803-0.009-0.03020.05140.06330.03720.1269-0.0617-0.18330.00040.08810.02530.01530.1076-0.00030.091-2.540175.915264.2146
100.08190.08330.1550.3851-0.03540.3664-0.00710.00180.10150.07030.00660.0382-0.0999-0.03900.13450.00050.01530.1103-0.00580.09917.757380.761370.7421
110.6308-0.1504-0.08360.3173-0.12810.6231-0.01140.0569-0.0364-0.00320.00530.02980.0138-0.1153-00.0718-0.0099-0.00340.0827-0.00180.093.074767.800450.2419
120.3753-0.33740.27640.7524-0.02630.490.0373-0.1205-0.01790.0935-0.0485-0.0379-0.0719-0.005700.1365-0.006-0.00860.1110.00150.093814.543873.12274.5877
130.37230.1609-0.0160.516-0.01940.277-0.0262-0.12070.36370.14490.05940.0436-0.1584-0.09280.00320.11150.01620.00770.101-0.00290.13070.096947.880582.4067
140.2691-0.1047-0.17360.2486-0.09410.2131-0.0364-0.0798-0.03960.05720.04150.08910.173-0.148200.1455-0.02330.00490.15150.01820.1157-2.847932.633384.2622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 107 through 140 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 141 through 164 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 165 through 223 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 224 through 381 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 403 through 427 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 18 through 53 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 54 through 106 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 107 through 141 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 142 through 198 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 199 through 223 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 224 through 381 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 382 through 427 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 18 through 73 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 74 through 106 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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