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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gz9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a POT family transporter in complex with prodrug valacyclovir | ||||||
![]() | Peptide ABC transporter permease | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Peptide transporter / prodrug complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minhas, G.S. / Newstead, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for prodrug recognition by the SLC15 family of proton-coupled peptide transporters. 著者: Minhas, G.S. / Newstead, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 667.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 674.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53951.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BL313_09825 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TXC / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5 詳細: 26-27% (v/v) PEG 200, 220 mM (NH4)2HPO4, and 110 mM sodium citrate (pH 5.0). Ligand: 40mM valacyclovir |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96861 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→58.2 Å / Num. obs: 11917 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 60.92 Å2 / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.36 / Rpim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 2145 / CC1/2: 0.547 / Rpim(I) all: 0.94 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6EXS 解像度: 3.1→58.162 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.76
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.79 Å2 / Biso mean: 69.1491 Å2 / Biso min: 33.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→58.162 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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