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万見
- PDB-6gsd: Plantago Major multifunctional oxidoreductase in complex with pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gsd
タイトルPlantago Major multifunctional oxidoreductase in complex with progesterone and NADP+
要素Progesterone 5-beta-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Progesterone Reductase / Iridoid synthase / SDR / enzyme evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


3beta-hydroxy-Delta5-steroid dehydrogenase / cholesterol dehydrogenase activity / 3-beta-hydroxy-delta5-steroid dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / lipid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PROGESTERONE / Progesterone 5-beta-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Plantago major (オホバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Fellows, R. / Silva, C. / Russo, C.M. / Lee, S.G. / Jez, J.M. / Chisholm, J.D. / Zubieta, C. / Nanao, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: A multisubstrate reductase from Plantago major: structure-function in the short chain reductase superfamily.
著者: Fellows, R. / Russo, C.M. / Silva, C.S. / Lee, S.G. / Jez, J.M. / Chisholm, J.D. / Zubieta, C. / Nanao, M.H.
履歴
登録2018年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Progesterone 5-beta-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0923
ポリマ－44,1141
非ポリマー9782
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.839, 78.839, 134.809
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Progesterone 5-beta-reductase


分子量: 44113.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plantago major (オホバコ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D6N9X1, 3beta-hydroxy-Delta5-steroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン


分子量: 314.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis Tris Propane, 5% glycerol, and 16.5% to 19% Peg 5K MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月25日 / 詳細: MIRROR and CRLs
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→68 Å / Num. obs: 13258 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.91 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.59→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSJune 1 2017データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V6F

2v6f


解像度: 2.7→39.419 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 28.61
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2657 552 4.72 %RANDOM
Rwork0.2054 ---
obs0.2082 11705 95.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2911 0 67 26 3004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0263076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.364200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5451783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.723450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.97170.34411360.28832727X-RAY DIFFRACTION97
2.9717-3.40150.31321430.2582757X-RAY DIFFRACTION96
3.4015-4.28470.2741310.19052788X-RAY DIFFRACTION96
4.2847-39.42370.23711420.18922881X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6783-0.58430.45080.5647-0.25450.5253-0.2342-0.4651-0.64240.3722-0.0169-0.1364-0.41590.6257-0.00010.7685-0.1030.03790.8436-0.1030.6796-15.8931-2.865325.3129
22.97150.345-0.11431.68530.21151.7108-0.0133-0.34270.23460.26790.11070.2195-0.2561-0.3552-00.62060.06020.07590.6496-0.0330.6448-31.7911-3.067816.0686
31.1805-0.3231-0.70140.4921-0.25151.9235-0.1172-0.1258-0.2881-0.37110.04640.1420.3612-0.1293-00.5699-0.0778-0.00480.60630.04380.6687-22.0228-24.493214.59
41.1805-0.3079-0.03990.87870.54030.80330.0867-0.4269-0.13510.07480.17320.23320.272-0.18140.00020.5412-0.07520.00680.74750.08080.6195-21.9296-22.751121.6774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 26:79)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 80:214)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 215:308)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resseq 309:389)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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