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- PDB-6gsc: Sphingobacterium sp. T2 manganese superoxide dismutase catalyses ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gsc
タイトルSphingobacterium sp. T2 manganese superoxide dismutase catalyses the oxidative demethylation of polymeric lignin via generation of hydroxyl radical
要素(Superoxide dismutase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / LIGNIN VALORISATION / LIGNIN OXIDATION / MANGANESE KEYWDS 2 SUPEROXIDE DISMUTASE / SPHINGOBACTERIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobacterium spiritivorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Rashid, G.M.M. / Zhang, X. / Wilkinson, R.C. / Fulop, V. / Cottyn, B. / Baumberger, S. / Bugg, T.D.H.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M025772/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M003523/1 英国
European Commission720303
引用
ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Sphingobacterium sp. T2 Manganese Superoxide Dismutase Catalyzes the Oxidative Demethylation of Polymeric Lignin via Generation of Hydroxyl Radical.
著者: Rashid, G.M.M. / Zhang, X. / Wilkinson, R.C. / Fulop, V. / Cottyn, B. / Baumberger, S. / Bugg, T.D.H.
#1: ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2015
タイトル: Identification of Manganese Superoxide Dismutase from Sphingobacterium sp. T2 as a Novel Bacterial Enzyme for Lignin Oxidation.
著者: Rashid, G.M. / Taylor, C.R. / Liu, Y. / Zhang, X. / Rea, D. / Fulop, V. / Bugg, T.D.
履歴
登録2018年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0564
ポリマ－45,9462
非ポリマー1102
水10,593588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.530, 58.610, 75.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase


分子量: 22908.562 Da / 分子数: 1 / 変異: A31H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobacterium spiritivorum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M3KL50, superoxide dismutase
#2: タンパク質 Superoxide dismutase


分子量: 23037.744 Da / 分子数: 1 / 変異: A31H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobacterium spiritivorum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M3KL50, superoxide dismutase
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: rod shape
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 130 mM ammonium citrate, 26% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→40 Å / Num. obs: 94757 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.32→1.39 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6973 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5a9g

5a9g


解像度: 1.32→39.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.756 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16632 3769 4 %RANDOM
Rwork0.15031 ---
obs0.15094 90988 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.911 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0 Å2-0.44 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.32→39.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3249 0 2 588 3839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.9334535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83937123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9355409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.11925.063158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.45115540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3071510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 275 -
Rwork0.243 6696 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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