PDB-6grl: Structure of imine reductase (apo form) at 1.6 A resolution from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6grl

タイトル

Structure of imine reductase (apo form) at 1.6 A resolution from Saccharomonospora xinjiangensis

要素

Beta-hydroxyacid dehydrogenase, 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Imine Reductase / S-selective / Reductive Amination

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomonospora xinjiangensis XJ-54 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hasan, M. / Gand, M. / Logan, D.T. / Hoehne, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of imine reductase (apo form) at 1.6 A resolution from Saccharomonospora xinjiangensis
著者: Hasan, M. / Gand, M. / Logan, D.T. / Hoehne, M.

履歴

登録	2018年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6grl.cif.gz	127.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6grl.ent.gz	98 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6grl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6grl_validation.pdf.gz	412.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6grl_full_validation.pdf.gz	412.9 KB	表示
XML形式データ	6grl_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	6grl_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/6grl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/6grl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zgyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1hjz-d 1elk-d 2d0w-d 1bho-d 2r37-2 5a9t-d 4zii-1 4n2p-5 4bd2-1 3qgj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-hydroxyacid dehydrogenase, 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.184, 35.774, 53.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.94, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-hydroxyacid dehydrogenase, 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase 分子量: 32139.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomonospora xinjiangensis XJ-54 (バクテリア) 遺伝子: SacxiDRAFT_0617 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I0UYD6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M imidazole malate 7.0 and 25 % PEG w/v 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→43.09 Å / Num. obs: 33393 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.21 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.039 / Net I/av σ(I): 26.09 / Net I/σ(I): 26.09
反射シェル	解像度: 1.6→1.6473 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZGY

3zgy

解像度: 1.6→41.712 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	1684	5.05 %
R_work	0.193	-	-
obs	0.1942	33328	94.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.712 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2110	0	0	263	2373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2221
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.466	3029
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.654	1794
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	403

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6002-1.6473	0.2131	130	0.1806	2561	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6473-1.7004	0.1984	136	0.1921	2664	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7004-1.7612	0.2814	143	0.2144	2674	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7612-1.8317	0.2363	131	0.2167	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8317-1.9151	0.2766	122	0.231	2516	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9151-2.0161	0.2472	135	0.2132	2505	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0161-2.1424	0.2016	129	0.2102	2556	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1424-2.3078	0.2012	117	0.2033	2493	X-RAY DIFFRACTION	89
2.3078-2.54	0.2215	175	0.1985	2736	X-RAY DIFFRACTION	98
2.54-2.9074	0.2045	151	0.2008	2726	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9074-3.6627	0.2074	189	0.187	2701	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6627-41.7258	0.2068	126	0.1649	2794	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0695	0.7715	-0.1219	1.4481	-0.5674	1.249	0.0539	-0.2501	0.4537	0.2369	0.0444	0.1165	-0.7653	0.1756	0.6013	0.2267	-0.0195	0.0394	0.0057	-0.007	0.0518	-32.5921	23.4954	16.0186
2	2.0287	-0.2803	1.3236	2.3804	0.2812	0.9861	-0.0622	-0.4036	0.2541	0.2649	0.1103	0.1254	-0.3034	-0.3943	0.0604	0.2695	0.0421	0.0463	0.1033	-0.0262	0.1374	-38.488	21.3714	18.9214
3	0.5531	-0.0833	-0.1339	0.4757	-0.7118	1.1985	-0.1248	0.0056	-0.3469	0.1069	0.0979	0.1626	0.5513	-0.4807	-0.331	0.2233	-0.022	0.037	-0.0224	0.0115	0.0992	-36.1281	12.8737	12.1755
4	0.8132	-0.0234	0.3073	0.5342	0.122	2.4187	0.0212	-0.0181	-0.0871	0.0052	-0.0544	-0.0237	0.2107	0.1281	-0.062	0.149	-0.0053	-0.007	0.0281	-0.0091	0.0913	-31.4826	11.8003	7.2235
5	3.0353	0.0017	1.5152	2.2453	0.5216	3.4278	0.104	-0.0412	-0.2675	-0.0688	0.0518	-0.1437	0.1536	0.2664	-0.1138	0.11	0.0083	0.0094	0.0791	-0.0005	0.1168	-24.6088	8.2415	5.6928
6	0.1571	-0.1779	0.4892	0.2997	-0.3489	2.2981	0.1651	-0.3007	0.0816	0.2948	-0.082	-0.2103	0.2264	0.2633	-0.4288	0.1779	-0.1135	-0.0439	0.2304	-0.0521	0.1463	-19.6204	20.8864	17.8616
7	1.657	-1.4704	1.0722	6.2954	0.4955	1.1581	0.1316	0.2521	0.2261	-0.7593	-0.1582	-0.2539	-0.3197	0.5065	-0.1799	0.1545	-0.0724	0.0003	0.139	0.0326	0.1571	-19.1706	20.9522	6.555
8	1.8953	0.3498	2.1512	0.4758	0.299	2.3894	-0.0108	-0.3173	0.1201	0.0159	-0.1347	-0.0368	-0.1976	-0.2368	0.189	0.0738	-0.021	-0.0257	0.2907	-0.0321	0.186	-2.8945	9.3875	31.6669
9	1.5281	-0.7177	-0.2789	2.1412	0.9793	0.4592	0.0156	0.6297	0.5042	-0.4133	-0.1185	-0.3332	-0.3339	0.3893	-0.1284	0.211	-0.0213	0.003	0.5025	0.1549	0.3429	8.8868	12.616	15.308
10	2.3259	0.8408	0.0565	0.9735	0.1896	0.1055	0.1747	0.371	-0.1749	-0.1371	-0.144	-0.2343	0.2798	0.3361	-0.0993	0.1285	0.0596	0.0129	0.3939	0.0675	0.2891	11.1908	-0.5622	23.4207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 89 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 90 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 148 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 149 through 173 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 174 through 220 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 221 through 243 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 244 through 296 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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