PDB-6gqz: Petrobactin-binding engineered lipocalin without ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gqz

タイトル

Petrobactin-binding engineered lipocalin without ligand

要素

Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ANTICALIN / BETA-BARREL / PETROBACTIN / LCN2 / LIPOCALIN / NGAL / PROTEIN ENGINEERING

機能・相同性

Bacteriophage P22, Gp10, DNA-stabilising / Phage stabilisation protein / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / Gene 8 protein

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Skerra, A. / Eichinger, A.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Reprogramming Human Siderocalin To Neutralize Petrobactin, the Essential Iron Scavenger of Anthrax Bacillus.
著者: Dauner, M. / Eichinger, A. / Lucking, G. / Scherer, S. / Skerra, A.

履歴

登録	2018年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gqz.cif.gz	173.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gqz.ent.gz	136.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gqz_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gqz_full_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示
XML形式データ	6gqz_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	6gqz_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/6gqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/6gqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gr0C 4mviS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qh1-d 5qgw-d 5qh9-d 5qgu-d 5qgh-d 5qgz-d 5qgk-d 1lay-d 4zhf-1 5qgi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

40.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.990, 65.950, 67.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.770, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 178 / Label seq-ID: 1 - 174

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / ...NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin LCN2 / p25 分子量: 20133.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / ...

分子量: 20133.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine/NaOH

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月31日

放射

モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.181→67.466 Å / Num. obs: 64603 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.1 % / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.072 / R_sym value: 0.066 / Net I/av σ(I): 4.9 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.4-1.48	6.2	0.356	2.1	9241	0.152	0.388	0.356	95.1
1.48-1.57	6	0.248	3	8860	0.107	0.271	0.248	95.6
1.57-1.67	5.6	0.178	4.2	8277	0.082	0.197	0.178	95.7
1.67-1.81	5.4	0.123	5.9	7793	0.057	0.136	0.123	96.4
1.81-1.98	6.4	0.087	7.5	7213	0.037	0.095	0.087	96.7
1.98-2.21	6.7	0.066	9	6537	0.027	0.072	0.066	96.9
2.21-2.56	6.4	0.06	9.4	5790	0.026	0.066	0.06	96.8
2.56-3.13	5.6	0.058	9	4842	0.028	0.065	0.058	96.4
3.13-4.43	6.5	0.047	10.2	3883	0.02	0.051	0.047	98.8
4.43-33.733	7.2	0.059	7.7	2167	0.023	0.063	0.059	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.26 Å	33.39 Å
Translation	6.26 Å	33.39 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM	7.2.2	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定
REFMAC	5.8.0222	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MVI

4mvi

解像度: 1.4→33.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.209 / SU ML: 0.039 / SU R Cruickshank DPI: 0.0638 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.061
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1812	3254	5 %	RANDOM
R_work	0.1373	-	-	-
obs	0.1396	61308	96.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.72 Å² / B_iso mean: 18.003 Å² / B_iso min: 6.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.44 Å²	-0 Å²	-0.65 Å²
2-	-	-1.35 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→33.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2842	0	0	339	3181
B_iso mean	-	-	-	28.94	-
残基数	-	-	-	-	348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.014	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.533	1.665	4173
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.99	1.631	6410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.69	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.861	23.333	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.602	15	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.514	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	587
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.117	3	5761
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	25.215	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.904	5	5771

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5577 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	243	-
R_work	0.169	4424	-
all	-	4667	-
obs	-	-	94.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0093	-0.008	-0.0063	0.0135	0.0122	0.0251	-0.0036	0.0013	-0.0015	0.0008	0.0021	0.0005	-0.0013	0.0012	0.0015	0.0033	0.0004	0.0015	0.0051	0.0006	0.001	18.7625	10.6673	98.9765
2	0.0023	-0.0032	-0.0021	0.0177	-0.0082	0.0112	-0.0001	-0.0005	-0.0002	0.0012	-0.0005	-0.0006	-0.0011	0.0011	0.0006	0.0015	-0.0001	0.0013	0.0056	0	0.0013	0.3065	-0.5448	67.509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 178
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 178

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関連情報:EMDBヘッダ

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