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万見
- PDB-6gql: Crystal structure of human c-KIT kinase domain in complex with AZ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gql
タイトルCrystal structure of human c-KIT kinase domain in complex with AZD3229-analogue (compound 35)
要素Mast/stem cell growth factor receptor Kit
キーワードSIGNALING PROTEIN / receptor tyrosine kinase (受容体型チロシンキナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / oncology (腫瘍学) / gastrointestinal stromal tumour (消化管間質腫瘍) / structure-based drug design (医薬品設計)
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / stem cell factor receptor activity / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / erythropoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / positive regulation of dendritic cell cytokine production / Kit signaling pathway / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / mast cell differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell chemotaxis / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of mast cell cytokine production / immature B cell differentiation / melanocyte differentiation / germ cell migration / lymphoid progenitor cell differentiation / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / 顔料 / tongue development / megakaryocyte development / Regulation of KIT signaling / mast cell degranulation / stem cell population maintenance / positive regulation of Notch signaling pathway / cytokine binding / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / spermatid development / growth factor binding / somatic stem cell population maintenance / 造血 / T cell differentiation / ectopic germ cell programmed cell death / hematopoietic progenitor cell differentiation / : / response to cadmium ion / ovarian follicle development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SH2 domain binding / cell chemotaxis / 赤血球形成 / B cell differentiation / acrosomal vesicle / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / epithelial cell proliferation / 細胞分化 / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / visual learning / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic side of plasma membrane / 受容体型チロシンキナーゼ / 核小体 / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell junction / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell population proliferation / regulation of cell shape / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / 精子形成 / protein tyrosine kinase activity / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of cell migration / intracellular signal transduction / 炎症
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F8B / Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Schimpl, M. / Hardy, C.J. / Ogg, D.J. / Overman, R.C. / Packer, M.J. / Kettle, J.G. / Anjum, R. / Barry, E. / Bhavsar, D. / Brown, C. ...Schimpl, M. / Hardy, C.J. / Ogg, D.J. / Overman, R.C. / Packer, M.J. / Kettle, J.G. / Anjum, R. / Barry, E. / Bhavsar, D. / Brown, C. / Campbell, A. / Goldberg, K. / Grondine, M. / Guichard, S. / Hunt, T. / Jones, O. / Li, X. / Moleva, O. / Pearson, S. / Shao, W. / Smith, A. / Smith, J. / Stead, D. / Stokes, S. / Tucker, M. / Ye, Y.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of N-(4-{[5-Fluoro-7-(2-methoxyethoxy)quinazolin-4-yl]amino}phenyl)-2-[4-(propan-2-yl)-1 H-1,2,3-triazol-1-yl]acetamide (AZD3229), a Potent Pan-KIT Mutant Inhibitor for the ...タイトル: Discovery of N-(4-{[5-Fluoro-7-(2-methoxyethoxy)quinazolin-4-yl]amino}phenyl)-2-[4-(propan-2-yl)-1 H-1,2,3-triazol-1-yl]acetamide (AZD3229), a Potent Pan-KIT Mutant Inhibitor for the Treatment of Gastrointestinal Stromal Tumors.
著者: Kettle, J.G. / Anjum, R. / Barry, E. / Bhavsar, D. / Brown, C. / Boyd, S. / Campbell, A. / Goldberg, K. / Grondine, M. / Guichard, S. / Hardy, C.J. / Hunt, T. / Jones, R.D.O. / Li, X. / ...著者: Kettle, J.G. / Anjum, R. / Barry, E. / Bhavsar, D. / Brown, C. / Boyd, S. / Campbell, A. / Goldberg, K. / Grondine, M. / Guichard, S. / Hardy, C.J. / Hunt, T. / Jones, R.D.O. / Li, X. / Moleva, O. / Ogg, D. / Overman, R.C. / Packer, M.J. / Pearson, S. / Schimpl, M. / Shao, W. / Smith, A. / Smith, J.M. / Stead, D. / Stokes, S. / Tucker, M. / Ye, Y.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
B: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5624
ポリマ－74,6652
非ポリマー8972
水5,368298
1
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7812
ポリマ－37,3331
非ポリマー4481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7812
ポリマ－37,3331
非ポリマー4481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.900, 91.670, 92.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog


分子量: 37332.578 Da / 分子数: 2
変異: I563S, V569S, Y609Q, L631S, M651E, I662H, D768H, R804N, V825D, C844S, L890S, H894Y, L912D, L923D
由来タイプ: 組換発現
詳細: Human c-KIT kinase domain (P551-H934) bearing surface mutations to optimise protein expression (I563S, V569S, Y609Q, L631S, M651E, I662H, D768H, R804N, V825D, C844S, L890S, H894Y, L912D, ...詳細: Human c-KIT kinase domain (P551-H934) bearing surface mutations to optimise protein expression (I563S, V569S, Y609Q, L631S, M651E, I662H, D768H, R804N, V825D, C844S, L890S, H894Y, L912D, L923D), and the kinase insert domain(S688-D765) deleted and replaced with the sequence EFVPYKVAPEDLYKDFLT
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star
参照: UniProt: P10721, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-F8B / ~{N}-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxyphenyl]-2-(4-propan-2-yl-1,2,3-triazol-1-yl)ethanamide


分子量: 448.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 9 % PEG 3350, 18 % glycerol, 0.1 M PCTP pH 6.2, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→92.27 Å / Num. obs: 50823 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 34.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3717 / CC1/2: 0.594 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→40.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.17 / SU Rfree Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.141
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2492 4.97 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.202 50145 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0022 Å20 Å20 Å2
2--3.2688 Å20 Å2
3---1.7334 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.01→40.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4657 0 66 298 5021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014849HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.966557HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1664SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes103HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes696HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4849HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.96
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion604SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5190SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 166 4.65 %
Rwork0.305 3404 -
all0.305 3570 -
obs--96.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06820.0781-0.55681.4162-0.36012.7292-0.03290.0187-0.0949-0.0192-0.0035-0.03140.1689-0.00410.0365-0.3085-0.0294-0.012-0.2968-0.0092-0.330627.324197.655516.2497
21.8121-1.0506-0.59115.13620.28421.57810.0940.03570.259-0.2221-0.01690.1405-0.26430.1033-0.077-0.2796-0.054-0.0028-0.26790.004-0.265464.266191.44720.5628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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