PDB-6gq1: Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA...

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データベース: PDB / ID: 6gq1

タイトル

Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP/sordarin)

要素

(40S ribosomal protein ...) x 31
(60S ribosomal protein ...) x 41
18S ribosomal RNA
5.8S ribosomal RNA
5S ribosomal RNA
60S acidic ribosomal protein P0
Elongation factor 2
Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
Messenger RNA
Saccharomyces cerevisiae S288C 35S pre-ribosomal RNA (RDN37-1), miscRNA
Transfer RNA - Phe
Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

キーワード

RIBOSOME / Eukaryotic 80S riboosme / mRNA-tRNA translocation / diphthamide

機能・相同性

機能・相同性情報

Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation ...Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / hexon binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / preribosome, small subunit precursor / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Ribosomal scanning and start codon recognition / response to cycloheximide / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / regulation of amino acid metabolic process / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of protein kinase activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / protein-RNA complex assembly / translation elongation factor activity / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / translational termination / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / maturation of LSU-rRNA / Neutrophil degranulation / cellular response to amino acid starvation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / macroautophagy / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / viral capsid / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / protein-folding chaperone binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / ribonucleoprotein complex / translation / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / host cell nucleus / GTP binding
類似検索 - 分子機能

60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV ...60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / : / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e
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PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Chem-SO1 / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Chem-SO1 / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Pre-hexon-linking protein VIII / Small ribosomal subunit protein uS9A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Small ribosomal subunit protein eS32B / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS17B / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Elongation factor 2 / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11B / Small ribosomal subunit protein eS26B / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Large ribosomal subunit protein uL5B / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å

データ登録者

Pellegrino, S. / Demeshkina, N. / Mancera-Martinez, E. / Melnikov, S. / Simonetti, A. / Myasnikov, A. / Yusupov, M. / Yusupova, G. / Hashem, Y.

資金援助

フランス, 4件

引用

ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into the Role of Diphthamide on Elongation Factor 2 in mRNA Reading-Frame Maintenance.
著者: Simone Pellegrino / Natalia Demeshkina / Eder Mancera-Martinez / Sergey Melnikov / Angelita Simonetti / Alexander Myasnikov / Marat Yusupov / Gulnara Yusupova / Yaser Hashem /

要旨: One of the most critical steps of protein biosynthesis is the coupled movement of mRNA, which encodes genetic information, with tRNAs on the ribosome. In eukaryotes, this process is catalyzed by a ...

履歴

登録	2018年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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登録構造単位

1: Saccharomyces cerevisiae S288C 35S pre-ribosomal RNA (RDN37-1), miscRNA

3: 5.8S ribosomal RNA

4: 5S ribosomal RNA

P0: 60S acidic ribosomal protein P0

P2: 60S ribosomal protein L12-A

A: 60S ribosomal protein L2-A

B: 60S ribosomal protein L3

C: 60S ribosomal protein L4-A

D: 60S ribosomal protein L5

E: 60S ribosomal protein L6-A

F: 60S ribosomal protein L7-A

G: 60S ribosomal protein L8-A

H: 60S ribosomal protein L9-A

I: 60S ribosomal protein L10

J: 60S ribosomal protein L11-B

L: 60S ribosomal protein L13-A

M: 60S ribosomal protein L14-A

N: 60S ribosomal protein L15-A

O: 60S ribosomal protein L16-A

P: 60S ribosomal protein L17-A

Q: 60S ribosomal protein L18-A

R: 60S ribosomal protein L19-A

S: 60S ribosomal protein L20-A

T: 60S ribosomal protein L21-A

U: 60S ribosomal protein L22-A

V: 60S ribosomal protein L23-A

W: 60S ribosomal protein L24-A

X: 60S ribosomal protein L25

Y: 60S ribosomal protein L26-A

Z: 60S ribosomal protein L27-A

a: 60S ribosomal protein L28

b: 60S ribosomal protein L29

c: 60S ribosomal protein L30

d: 60S ribosomal protein L31-A

e: 60S ribosomal protein L32

f: 60S ribosomal protein L33-A

g: 60S ribosomal protein L34-A

h: 60S ribosomal protein L35-A

i: 60S ribosomal protein L36-A

j: 60S ribosomal protein L37-A

k: 60S ribosomal protein L38

l: 60S ribosomal protein L39

m: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

n: 60S ribosomal protein L41-B

o: 60S ribosomal protein L42-A

p: 60S ribosomal protein L43-A

2: 18S ribosomal RNA

q: 40S ribosomal protein S0-A

r: 40S ribosomal protein S1-A

s: 40S ribosomal protein S2

t: 40S ribosomal protein S3

u: 40S ribosomal protein S4-A

v: 40S ribosomal protein S5

w: 40S ribosomal protein S6-A

x: 40S ribosomal protein S7-A

y: 40S ribosomal protein S8-A

z: 40S ribosomal protein S9-A

AA: 40S ribosomal protein S10-A

AB: 40S ribosomal protein S11-A

AC: 40S ribosomal protein S12

AD: 40S ribosomal protein S13

AE: 40S ribosomal protein S14-B

AF: 40S ribosomal protein S15

AG: 40S ribosomal protein S16-A

AH: 40S ribosomal protein S17-B

AI: 40S ribosomal protein S18-A

AJ: 40S ribosomal protein S19-A

AK: 40S ribosomal protein S20

AL: 40S ribosomal protein S21-A

AM: 40S ribosomal protein S22-A

AN: 40S ribosomal protein S23-A

AO: 40S ribosomal protein S24-A

AP: 40S ribosomal protein S25-A

AQ: 40S ribosomal protein S26-B

AR: 40S ribosomal protein S27-A

AS: 40S ribosomal protein S28-A

AT: 40S ribosomal protein S29-A

AU: 40S ribosomal protein S30-A

AV: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein

AW: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

AX: Transfer RNA - Phe

AY: Messenger RNA

AZ: Elongation factor 2

ヘテロ分子

3.17 MDa, 83 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

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RNA鎖 , 6種, 6分子 1342AXAY

#1: RNA鎖	Saccharomyces cerevisiae S288C 35S pre-ribosomal RNA (RDN37-1), miscRNA 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: REF: 831416132
#2: RNA鎖	5.8S ribosomal RNA 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 1329886537
#3: RNA鎖	5S ribosomal RNA 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 1358044889
#47: RNA鎖	18S ribosomal RNA 分子量: 578820.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 1329886537
#81: RNA鎖	Transfer RNA - Phe 分子量: 24518.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 176419
#82: RNA鎖	Messenger RNA 分子量: 2449.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

-
タンパク質 , 4種, 4分子 P0mAVAZ

#4: タンパク質	60S acidic ribosomal protein P0 / A0 / L10e / Large ribosomal subunit protein uL10 分子量: 20929.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05317
#43: タンパク質	Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 分子量: 6032.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08
#79: タンパク質	Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ...Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ribosomal subunit protein RACK1 分子量: 34710.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38011
#83: タンパク質	Elongation factor 2 / EF-2 / Eukaryotic elongation factor 2 / eEF2 / Ribosomal translocase / Translation elongation factor 2 分子量: 93318.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P32324

+
60S ribosomal protein ... , 41種, 41分子 P2ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#5: タンパク質	60S ribosomal protein L12-A / L15 / Large ribosomal subunit protein uL11-A / YL23 分子量: 10347.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX53
#6: タンパク質	60S ribosomal protein L2-A / L5 / Large ribosomal subunit protein uL2-A / RP8 / YL6 分子量: 27217.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX45
#7: タンパク質	60S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1 分子量: 43719.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P14126
#8: タンパク質	60S ribosomal protein L4-A / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2 分子量: 39027.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P10664
#9: タンパク質	60S ribosomal protein L5 / L1 / L1a / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3 分子量: 33633.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P26321
#10: タンパク質	60S ribosomal protein L6-A / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16 分子量: 19869.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q02326
#11: タンパク質	60S ribosomal protein L7-A / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8 分子量: 25240.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05737
#12: タンパク質	60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5 分子量: 25814.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P17076
#13: タンパク質	60S ribosomal protein L9-A / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11 分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05738
#14: タンパク質	60S ribosomal protein L10 / L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI- ...L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein 分子量: 25279.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P41805
#15: タンパク質	60S ribosomal protein L11-B / L16 / Large ribosomal subunit protein uL5-B / RP39 / YL22 分子量: 19266.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q3E757
#16: タンパク質	60S ribosomal protein L13-A / Large ribosomal subunit protein eL13-A 分子量: 21885.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q12690
#17: タンパク質	60S ribosomal protein L14-A / Large ribosomal subunit protein eL14-A 分子量: 14976.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P36105
#18: タンパク質	60S ribosomal protein L15-A / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18 分子量: 24351.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05748
#19: タンパク質	60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15 分子量: 22028.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P26784
#20: タンパク質	60S ribosomal protein L17-A / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17 分子量: 20458.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05740
#21: タンパク質	60S ribosomal protein L18-A / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28 分子量: 20478.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49
#22: タンパク質	60S ribosomal protein L19-A / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14 分子量: 21631.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX82
#23: タンパク質	60S ribosomal protein L20-A / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A 分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23
#24: タンパク質	60S ribosomal protein L21-A / Large ribosomal subunit protein eL21-A 分子量: 18148.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02753
#25: タンパク質	60S ribosomal protein L22-A / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31 分子量: 11263.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05749
#26: タンパク質	60S ribosomal protein L23-A / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32 分子量: 14362.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX41
#27: タンパク質	60S ribosomal protein L24-A / L30 / Large ribosomal subunit protein eL24-A / RP29 / YL21 分子量: 7384.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04449
#28: タンパク質	60S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein uL23 / RP16L / YL25 / YP42' 分子量: 13771.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04456
#29: タンパク質	60S ribosomal protein L26-A / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33 分子量: 14134.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743
#30: タンパク質	60S ribosomal protein L27-A / Large ribosomal subunit protein eL27-A 分子量: 15437.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H6
#31: タンパク質	60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / RP44 / RP62 / YL24 分子量: 16630.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02406
#32: タンパク質	60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL29 / YL43 分子量: 6560.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05747
#33: タンパク質	60S ribosomal protein L30 / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38 分子量: 10558.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14120
#34: タンパク質	60S ribosomal protein L31-A / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28 分子量: 12649.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H8
#35: タンパク質	60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32 分子量: 14478.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061
#36: タンパク質	60S ribosomal protein L33-A / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37 分子量: 12045.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744
#37: タンパク質	60S ribosomal protein L34-A / Large ribosomal subunit protein eL34-A 分子量: 12608.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P87262
#38: タンパク質	60S ribosomal protein L35-A / Large ribosomal subunit protein uL29-A 分子量: 13811.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX84
#39: タンパク質	60S ribosomal protein L36-A / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39 分子量: 11020.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745
#40: タンパク質	60S ribosomal protein L37-A / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55 分子量: 9746.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49166
#41: タンパク質	60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38 分子量: 8714.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49167
#42: タンパク質・ペプチド	60S ribosomal protein L39 / L46 / Large ribosomal subunit protein eL39 / YL40 分子量: 6227.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04650
#44: タンパク質・ペプチド	60S ribosomal protein L41-B / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-B / YL41 分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX87, UniProt: P0CX86*PLUS
#45: タンパク質	60S ribosomal protein L42-A / L41 / Large ribosomal subunit protein eL42-A / YL27 / YP44 分子量: 12115.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX27
#46: タンパク質	60S ribosomal protein L43-A / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35 分子量: 9981.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX25

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 qrstuvwxyzAAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU

#48: タンパク質	40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A / Small ribosomal subunit protein uS2-A 分子量: 22811.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32905
#49: タンパク質	40S ribosomal protein S1-A / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A 分子量: 24312.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33442
#50: タンパク質	40S ribosomal protein S2 / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / YS5 分子量: 23212.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25443
#51: タンパク質	40S ribosomal protein S3 / RP13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / YS3 分子量: 24702.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05750
#52: タンパク質	40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6 分子量: 29338.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX35
#53: タンパク質	40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / YS8 分子量: 22908.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26783
#54: タンパク質	40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4 分子量: 25581.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37
#55: タンパク質	40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A 分子量: 21000.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786
#56: タンパク質	40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9 分子量: 22406.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX39
#57: タンパク質	40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11 分子量: 21210.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13516
#58: タンパク質	40S ribosomal protein S10-A / Small ribosomal subunit protein eS10-A 分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08745
#59: タンパク質	40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12 分子量: 17378.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX47
#60: タンパク質	40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12 分子量: 13327.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48589
#61: タンパク質	40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15 分子量: 16928.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756
#62: タンパク質	40S ribosomal protein S14-B / RP59B / Small ribosomal subunit protein uS11-B 分子量: 13446.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39516
#63: タンパク質	40S ribosomal protein S15 / RIG protein / RP52 / S21 / Small ribosomal subunit protein uS19 / YS21 分子量: 14155.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q01855
#64: タンパク質	40S ribosomal protein S16-A / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A 分子量: 15659.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51
#65: タンパク質	40S ribosomal protein S17-B / RP51B / Small ribosomal subunit protein eS17-B 分子量: 14268.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14127
#66: タンパク質	40S ribosomal protein S18-A / Small ribosomal subunit protein uS13-A 分子量: 16940.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX55
#67: タンパク質	40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A 分子量: 15810.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07280
#68: タンパク質	40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10 分子量: 12190.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38701
#69: タンパク質	40S ribosomal protein S21-A / S26 / Small ribosomal subunit protein eS21-A / YS25 分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0V8
#70: タンパク質	40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22 分子量: 14518.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W1
#71: タンパク質	40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14 分子量: 15942.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29
#72: タンパク質	40S ribosomal protein S24-A / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A 分子量: 15231.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31
#73: タンパク質	40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / Small ribosomal subunit protein eS25-A / YS23 分子量: 8001.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E792
#74: タンパク質	40S ribosomal protein S26-B / Small ribosomal subunit protein eS26-B 分子量: 11022.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39939
#75: タンパク質	40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20 分子量: 8762.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997
#76: タンパク質	40S ribosomal protein S28-A / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27 分子量: 7116.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7X9
#77: タンパク質	40S ribosomal protein S29-A / S36 / Small ribosomal subunit protein uS14-A / YS29 分子量: 6335.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41057
#78: タンパク質	40S ribosomal protein S30-A / Small ribosomal subunit protein eS30-A 分子量: 6779.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX33

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 AW

#80: タンパク質・ペプチド	Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 分子量: 4148.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05759

-
非ポリマー , 3種, 10分子

#84: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#85: 化合物	ChemComp-SO1 / [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID / SORDARIN 分子量: 494.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₂O₈
#86: 化合物	ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₃P₃ コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 in presence of non-hydrolizable GTP (GMPPCP) and anti-fungal drug (sordarin)	RIBOSOME	#1-#83	0	MULTIPLE SOURCES
2	80S ribosome	COMPLEX	#1-#81, #83	1	NATURAL
3	RNA	COMPLEX	#82	1	RECOMBINANT

分子量

値: 3.4 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	2	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)	559292
2	3	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)	559292

由来(組換発現)

生物種: synthetic construct (人工物)

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	式	Buffer-ID
1	10 mM	Hepes-KOH	1
2	5 mM	Mg(OAc)₂	1
3	40 mM	KOAc	1
4	10 mM	NH₄Cl	1
5	1 mM	DTT	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot force 4, blot waiting time 30 s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
7	UCSF Chimera	モデルフィッティング
12	RELION	３次元再構成
13	PHENIX	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 189700 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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