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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gq0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GanP, a glucose-galactose binding protein from Geobacillus stearothermophilus | ||||||
要素 | Putative sugar binding protein | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Glucose-galactose binding protein / Gebacillus stearothermophilus / three-component sensing system / galactan utilization system. | ||||||
機能・相同性 | Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / carbohydrate binding / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Putative sugar binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Sherf, D. / Lansky, S. / Zehavi, A. / Shoham, Y. / Shoham, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of GanP, a glucose-galactose binding protein from Gebacillus Stearothermophilus 著者: Sherf, D. / Zehavi, A. / Lansky, S. / Shoham, Y. / Shoham, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gq0.cif.gz | 73.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gq0.ent.gz | 53.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gq0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6gq0_validation.pdf.gz | 423.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6gq0_full_validation.pdf.gz | 424.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6gq0_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6gq0_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/6gq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/6gq0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3c6qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35522.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: ganP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8QN64 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5 buffer), and 20% w/v PEG 10K. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→38.36 Å / Num. obs: 30682 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2021 / CC1/2: 0.939 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3C6Q 解像度: 1.94→38.365 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.84
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→38.365 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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