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万見
- PDB-6gpa: Beta-1,4-galactanase from Bacteroides thetaiotaomicron with galactose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gpa
タイトルBeta-1,4-galactanase from Bacteroides thetaiotaomicron with galactose
要素Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
キーワードCARBOHYDRATE / Glycosyl hydrolase / Galactosidase / Endo-galactanase / galactose
機能・相同性arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase / arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase activity / Glycosyl hydrolase family 53 / Glycosyl hydrolase family 53 / glucosidase activity / pectin catabolic process / Glycoside hydrolase superfamily / beta-D-galactopyranose / Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Hekelaar, J. / Boger, M. / Leeuwen van, S.S. / Lammerts van Bueren, A. / Dijkhuizen, L.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research オランダ
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterization of a family GH53 beta-1,4-galactanase from Bacteroides thetaiotaomicron that facilitates degradation of prebiotic galactooligosaccharides.
著者: Boger, M. / Hekelaar, J. / van Leeuwen, S.S. / Dijkhuizen, L. / Lammerts van Bueren, A.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
B: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2174
ポリマ－70,8562
非ポリマー3602
水13,007722
1
A: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6082
ポリマ－35,4281
非ポリマー1801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6082
ポリマ－35,4281
非ポリマー1801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.544, 45.632, 138.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase


分子量: 35428.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sample sequence starts at -1
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_4668 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q89YR3, arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
#2: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20-23% PEG6000, 200 mM NH4Cl, MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月1日 / 詳細: KB-mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→46.85 Å / Num. obs: 53053 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 138347 / Scaling rejects: 92
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.79-1.832.40.40326870.5140.3280.52280.5
8.96-46.852.70.0514420.990.0390.06593.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.79 Å46.85 Å
Translation1.79 Å46.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GP5

6gp5


解像度: 1.79→46.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 3.649 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.137
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2600 4.9 %RANDOM
Rwork0.1703 ---
obs0.1728 50408 95.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 49.15 Å2 / Biso mean: 10.166 Å2 / Biso min: 1.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→46.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4930 0 24 722 5676
Biso mean--21.21 21.28 -
残基数----624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0145074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.6546885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9871.64810500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3735622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.51424.566265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.76715852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1751518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02936
LS精密化 シェル解像度: 1.793→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 182 -
Rwork0.23 3189 -
all-3371 -
obs--82.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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