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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6go2 | ||||||
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タイトル | Carboxypeptidase T with N-sulfamoyl-L-Leucine | ||||||
![]() | Carboxypeptidase T | ||||||
![]() | HYDROLASE / peptidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() carboxypeptidase T / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Carboxypeptidase T with N-sulfamoyl-L-Leucine 著者: Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3qnvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36641.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cpt / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 266分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/LU0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/LU0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-LU0 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: 1.4 SA |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 60665 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 8.44 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 3.0774 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.55 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 8730 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3QNV 解像度: 1.9→29.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.077 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.383 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→29.82 Å
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拘束条件 |
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