分子量: 2877.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lactobacillus plantarum (バクテリア) / 参照: UniProt: O32830
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実験情報
-
実験
実験
手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
Sample state
Spectrometer-ID
タイプ
1
1
1
isotropic
1
1Dproton
1
2
1
isotropic
1
2D DQF-COSY
1
3
1
isotropic
1
2D 1H-1H TOCSY
1
4
1
isotropic
1
2D 1H-1H NOESY
1
5
1
isotropic
1
2D 1H-13C HSQC
1
6
1
isotropic
1
2D 1H-15N HSQC
-
試料調製
詳細
タイプ: micelle 内容: 1 mM Plantaricin S-b, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 100 mM [U-2H] DPC, 0.2 mM DSS, 95% H2O/5% D2O Label: no labeling / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
1mM
Plantaricin S-b
naturalabundance
1
95 %
H2O
naturalabundance
1
5 %
D2O
[U-2H]
1
100mM
DPC
[U-2H]
1
0.2mM
DSS
naturalabundance
1
試料状態
詳細: Sample of PlS-b was purchased from GENSCRIPT at above 98% purity and used as is without further purification, or addition of salts/buffers. イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2
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NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: cryoprobe
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
CNS
1.3
Brunger, Adams, Clore, Gros, NilgesandRead
structurecalculation
TALOS
Cornilescu, DelaglioandBax
データ解析
CARA
KellerandWuthrich
chemicalshiftassignment
Sparky
Goddard
peakpicking
TopSpin
2.4
BrukerBiospin
collection
CNS
1.3
Brunger, Adams, Clore, Gros, NilgesandRead
精密化
精密化
手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 6 詳細: refined using distance and dihedral restraints in DMSO using the RECOORD script
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20