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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gnx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the MAJIN-TERB2 heterotetrameric complex - selenomethionine derivative | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Meiosis (減数分裂) / telomeres (テロメア) / complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic telomere clustering / synaptonemal complex assembly / homologous chromosome pairing at meiosis / double-strand break repair involved in meiotic recombination / nuclear inner membrane / oogenesis / 精子形成 / chromosome, telomeric region / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Gurusaran, M. / Dunce, J.M. / Sen, L.T. / Davies, O.R. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural basis of meiotic telomere attachment to the nuclear envelope by MAJIN-TERB2-TERB1. 著者: Dunce, J.M. / Milburn, A.E. / Gurusaran, M. / da Cruz, I. / Sen, L.T. / Benavente, R. / Davies, O.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gnx.cif.gz | 169.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gnx.ent.gz | 146.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gnx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/6gnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/6gnx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6gnyC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.18430/m36gnx / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13710.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAJIN, C11orf85 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3KP22 #2: タンパク質 | 分子量: 6371.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TERB2, C15orf43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NHR7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.12M 1,6-Hexanediol; 0.12M 1-Butanol; 0.12M 1,2-Propanediol (racemic); 0.12M 2-Propanol; 0.12M 1,4-Butanediol; 0.12M 1,3-Propanediol, 55.5 mM MES pH 3.11, 44.5 mM imidazole pH 10.23; 12.5% ...詳細: 0.12M 1,6-Hexanediol; 0.12M 1-Butanol; 0.12M 1,2-Propanediol (racemic); 0.12M 2-Propanol; 0.12M 1,4-Butanediol; 0.12M 1,3-Propanediol, 55.5 mM MES pH 3.11, 44.5 mM imidazole pH 10.23; 12.5% w/v PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350; 12.5% v/v MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→49.33 Å / Num. obs: 7915 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 56.6 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 28.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 55.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1250 / CC1/2: 0.885 / Rpim(I) all: 0.553 / Rrim(I) all: 3.015 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.329 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 33.96
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.329 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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