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万見
- PDB-6gnf: Granule Bound Starch Synthase from Cyanobacterium sp. CLg1 bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gnf
タイトルGranule Bound Starch Synthase from Cyanobacterium sp. CLg1 bound to acarbose and ADP
要素Glycogen synthase
キーワードTRANSFERASE / Glycosyl Transferase / Starch Synthase / Acarbose / ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (NDP-glucose donor) activity / : / starch synthase (glycosyl-transferring) / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (ADP-glucose donor) activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / glycogen biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-acarbose / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / alpha-D-glucopyranose / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanobacterium sp. CLg1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cuesta-Seijo, J.A. / Nielsen, M.M. / Palcic, M.M.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
デンマーク
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of theCatalyticDomain ofArabidopsis thalianaStarch Synthase IV, of Granule Bound Starch Synthase From CLg1 and of Granule Bound Starch Synthase I ofCyanophora ...タイトル: Crystal Structures of theCatalyticDomain ofArabidopsis thalianaStarch Synthase IV, of Granule Bound Starch Synthase From CLg1 and of Granule Bound Starch Synthase I ofCyanophora paradoxaIllustrate Substrate Recognition in Starch Synthases.
著者: Nielsen, M.M. / Ruzanski, C. / Krucewicz, K. / Striebeck, A. / Cenci, U. / Ball, S.G. / Palcic, M.M. / Cuesta-Seijo, J.A.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase
B: Glycogen synthase
C: Glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,26918
ポリマ－180,6523
非ポリマー3,61815
水5,477304
1
A: Glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6747
ポリマ－60,2171
非ポリマー1,4576
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0175
ポリマ－60,2171
非ポリマー7994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5786
ポリマ－60,2171
非ポリマー1,3615
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)194.260, 132.650, 123.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISAA0 - 52120 - 541
21HISHISBB0 - 52120 - 541
12HISHISAA0 - 52120 - 541
22HISHISCC0 - 52120 - 541
13LEULEUBB-6 - 52114 - 541
23LEULEUCC-6 - 52114 - 541

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Glycogen synthase / Starch [bacterial glycogen] synthase


分子量: 60217.238 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanobacterium sp. CLg1 (バクテリア)
遺伝子: glgA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: V5SNJ5, starch synthase (glycosyl-transferring)

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-acarbose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 316分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M (NH4)2SO4, 2% PEG400 and 150 mM Hepes buffer at pH 7.5, acarbose, ADP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→200 Å / Num. obs: 121565 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 14.03
反射 シェル解像度: 2.2→2.4 Å / 冗長度: 4.1 % / Num. unique obs: 23165 / CC1/2: 0.48 / Rrim(I) all: 1.47 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VUE

3vue


解像度: 2.2→48.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 13.916 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.164 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22377 3647 3 %RANDOM
Rwork0.20466 ---
obs0.20523 117917 95.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 75.286 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å2-0 Å20.03 Å2
2--2.29 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11885 0 226 304 12415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01912455
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.99416945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.792327474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.66851528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.30725.179504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9152091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7321532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21913
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7954.0676112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7954.0676111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0076.0957631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0076.0967632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1424.4096343
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0974.3736307
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4246.4819258
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.85533.29613873
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.71133.14513801
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A592140.07
12B592140.07
21A626550.05
22C626550.05
31B600070.06
32C600070.06
LS精密化 シェル解像度: 2.204→2.261 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.584 193 -
Rwork0.579 6264 -
obs--68.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32720.8587-0.75721.4092-1.02522.2-0.0194-0.1344-0.08930.26010.08390.12380.0075-0.4509-0.06450.1348-0.0657-0.00530.25080.06850.1448-33.51171.3209-24.1836
23.5412-1.21863.32512.7935-2.40174.57790.0572-0.7558-0.5661-0.43650.73560.38080.386-1.1321-0.79280.1076-0.0877-0.0140.45170.31190.2745-48.358341.9398-66.5537
31.1964-0.2178-0.72631.79390.65822.10490.245-0.29480.20050.1350.0592-0.0952-0.33590.2035-0.30420.156-0.08250.10520.16390.00590.160314.313330.5241-28.4482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 521
2X-RAY DIFFRACTION2B-6 - 521
3X-RAY DIFFRACTION3C-8 - 522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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