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- PDB-6gmv: MamM CTD - Nickel form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gmv
タイトルMamM CTD - Nickel form
要素MamM CTD - Nickel form
キーワードMETAL TRANSPORT / Cation diffusion facilitator / magnetotactic bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux transmembrane domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / NICKEL (II) ION / Magnetosome protein MamM / Magnetosome protein MamM
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Barber-Zucker, S. / Zarivach, R.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation 167/16 イスラエル
Israel Ministry of Science, Technology and Space イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MamM CTD - Nickel form
著者: Barber-Zucker, S. / Zarivach, R.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MamM CTD - Nickel form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2395
ポリマ－11,9101
非ポリマー3294
水1,15364
1
A: MamM CTD - Nickel form
ヘテロ分子

A: MamM CTD - Nickel form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,47910
ポリマ－23,8212
非ポリマー6588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
Buried area2060 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.340, 94.479, 53.689
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

SO4

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要素

#1: タンパク質 MamM CTD - Nickel form


分子量: 11910.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M AmSu, 0.1M BIS-TRIS pH=5.5, 25% PEG 3350, 1.7 mM NiCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.977999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→47.24 Å / Num. obs: 13052 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 24.3 / Num. measured all: 253117
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.59-1.6219.12.376117356160.7690.5472.441.497.4
8.73-47.2416.10.025169110510.0060.025106.599.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W5X

3w5x


解像度: 1.59→47.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.2091 / WRfactor Rwork: 0.1794 / FOM work R set: 0.7806 / SU B: 4.551 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.0857 / SU Rfree: 0.0881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 649 5 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
obs0.1899 12387 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.03 Å2 / Biso mean: 36.37 Å2 / Biso min: 15.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.56 Å2-0 Å20 Å2
2---1.17 Å2-0 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→47.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数628 0 15 64 707
Biso mean--51.52 44.1 -
残基数----81
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.019685
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5951.944931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25531530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.973590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.83723.33336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.41715123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.12159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02164
LS精密化 シェル解像度: 1.594→1.636 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 43 -
Rwork0.339 894 -
all-937 -
obs--98.32 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.0081 Å / Origin y: 14.3998 Å / Origin z: -0.3792 Å
111213212223313233
T0.0546 Å20.0108 Å2-0.0262 Å2-0.0081 Å2-0.008 Å2--0.0227 Å2
L1.2595 °2-0.5366 °2-0.5198 °2-3.7109 °22.1339 °2--3.3526 °2
S-0.0123 Å °-0.0868 Å °0.0674 Å °0.2505 Å °0.082 Å °-0.1005 Å °0.3092 Å °0.1101 Å °-0.0697 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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