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- PDB-6gmb: Structure of human hydroxyacid oxidase 1 bound with FMN and glycolate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gmb
タイトルStructure of human hydroxyacid oxidase 1 bound with FMN and glycolate
要素Hydroxyacid oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / glycolate / glyoxylate / peroxisome / FMN / primary hyperoxaluria / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / glycine biosynthetic process / fatty acid alpha-oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import ...glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / glycine biosynthetic process / fatty acid alpha-oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import / FMN binding / response to oxidative stress / intracellular membrane-bounded organelle / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / GLYCOLIC ACID / 2-Hydroxyacid oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者MacKinnon, S. / Bezerra, G.A. / Krojer, T. / Smee, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, E. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Brennan, P.E. / Yue, W.W. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust106169/ZZ14/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human hydroxyacid oxidase 1 bound with FMN and glycolate
著者: MacKinnon, S. / Bezerra, G.A. / Krojer, T. / Smee, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, E. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Brennan, P.E. / Yue, W.W.
履歴
登録2018年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1278
ポリマ－40,1521
非ポリマー9757
水6,774376
1
A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,50932
ポリマ－160,6094
非ポリマー3,90028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area19960 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area45940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.431, 97.431, 80.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-945-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hydroxyacid oxidase 1 / HAOX1 / Glycolate oxidase / GOX


分子量: 40152.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAO1, GOX1, HAOX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJM8, (S)-2-hydroxy-acid oxidase

-
非ポリマー , 5種, 383分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物 ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG1000 -- 0.1M MIB pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→68.894 Å / Num. all: 81521 / Num. obs: 81521 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.04 / Net I/av σ(I): 8 / Net I/σ(I): 29.2 / Num. measured all: 502198
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.35-1.423.90.0937.244710113290.0520.1070.0931194.9
1.42-1.515.80.0778.465858112890.0350.0850.07717.4100
1.51-1.616.70.0641071509106710.0270.0690.06423.2100
1.61-1.746.70.05411.56634299110.0230.0590.05427.5100
1.74-1.916.70.04612.86083891290.0190.050.04632.4100
1.91-2.136.60.04113.85448782590.0170.0440.04137.8100
2.13-2.466.70.03814.74848572850.0160.0410.03841.999.9
2.46-3.026.60.03715.44114661950.0150.040.03744.299.9
3.02-4.276.60.03614.93142147850.0150.0390.03646.699.9
4.27-40.1826.50.039141740226680.0160.0420.0394799.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NZL

2nzl


解像度: 1.35→40.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.842 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1302 3976 4.9 %RANDOM
Rwork0.11 ---
obs0.111 77545 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.99 Å2 / Biso mean: 14.354 Å2 / Biso min: 6.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→40.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2791 0 56 376 3223
Biso mean--17.46 29.19 -
残基数----362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0142996
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.6694079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9871.6526563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2285395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.51521.486148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.10315530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0541524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02526
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.74335797
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.8995231
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.30755878
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.131 289 -
Rwork0.096 5284 -
all-5573 -
obs--92.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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