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万見
- PDB-6gl3: Crystal structure of human Phosphatidylinositol 4-kinase III beta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gl3
タイトルCrystal structure of human Phosphatidylinositol 4-kinase III beta (PI4KIIIbeta) in complex with ligand 44
要素Phosphatidylinositol 4-kinase beta,Phosphatidylinositol 4-kinase beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / PI4K KINASE / Immunosuppressive / Phosphoinositol 4-kinase IIIbeta / transplantation / human mixed lymphocyte reaction / selectivity profile / binding mode / solubility
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / rough endoplasmic reticulum membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol biosynthetic process / lysosome organization / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / inner ear development / 14-3-3 protein binding ...1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / rough endoplasmic reticulum membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol biosynthetic process / lysosome organization / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / inner ear development / 14-3-3 protein binding / receptor-mediated endocytosis / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain ...: / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EMW / Phosphatidylinositol 4-kinase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Lammens, A. / Augustin, M. / Steinbacher, S. / Reuberson, J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of a Potent, Orally Bioavailable PI4KIII beta Inhibitor (UCB9608) Able To Significantly Prolong Allogeneic Organ Engraftment in Vivo.
著者: Reuberson, J. / Horsley, H. / Franklin, R.J. / Ford, D. / Neuss, J. / Brookings, D. / Huang, Q. / Vanderhoydonck, B. / Gao, L.J. / Jang, M.Y. / Herdewijn, P. / Ghawalkar, A. / Fallah-Arani, F. ...著者: Reuberson, J. / Horsley, H. / Franklin, R.J. / Ford, D. / Neuss, J. / Brookings, D. / Huang, Q. / Vanderhoydonck, B. / Gao, L.J. / Jang, M.Y. / Herdewijn, P. / Ghawalkar, A. / Fallah-Arani, F. / Khan, A.R. / Henshall, J. / Jairaj, M. / Malcolm, S. / Ward, E. / Shuttleworth, L. / Lin, Y. / Li, S. / Louat, T. / Waer, M. / Herman, J. / Payne, A. / Ceska, T. / Doyle, C. / Pitt, W. / Calmiano, M. / Augustin, M. / Steinbacher, S. / Lammens, A. / Allen, R.
履歴
登録2018年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4-kinase beta,Phosphatidylinositol 4-kinase beta
B: Phosphatidylinositol 4-kinase beta,Phosphatidylinositol 4-kinase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3883
ポリマ－87,9772
非ポリマー4101
水27015
1
A: Phosphatidylinositol 4-kinase beta,Phosphatidylinositol 4-kinase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3992
ポリマ－43,9891
非ポリマー4101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol 4-kinase beta,Phosphatidylinositol 4-kinase beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9891
ポリマ－43,9891
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.468, 69.484, 172.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase beta,Phosphatidylinositol 4-kinase beta / PtdIns 4-kinase beta / NPIK / PI4K92


分子量: 43988.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI4KB, PIK4CB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UBF8, 1-phosphatidylinositol 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-EMW / (3~{S})-4-(6-azanyl-1-methyl-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)-~{N}-(4-methoxy-2-methyl-phenyl)-3-methyl-piperazine-1-carboxamide


分子量: 410.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium citrate, 22% (w/v) PEG3350, 10 mM Manganese(II)chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→86.42 Å / Num. obs: 19839 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.05
反射 シェル解像度: 2.77→2.842 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique obs: 1398 / CC1/2: 0.804 / % possible all: 98.85

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.77→86.42 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 --
Rwork0.276 --
obs0.278 742 97 %
all-19097 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→86.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5288 0 30 15 5333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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