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- PDB-6gjg: Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase DHODH in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gjg
タイトルPlasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase DHODH in complex with 3,6-dimethyl-N-(4-(trifluoromethyl)phenyl)-(1,2)oxazolo(5,4-d)pyrimidin-4-amine
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードFLAVOPROTEIN / Enzyme / DHODH
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F1T / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Rowland, P.
引用ジャーナル: ACS Omega / 年: 2018
タイトル: Isoxazolopyrimidine-Based Inhibitors ofPlasmodium falciparumDihydroorotate Dehydrogenase with Antimalarial Activity.
著者: Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, K.L. / White, J. / Shackleford, D.M. / Lafuente-Monasterio, M.J. / Rowland, P. / Manjalanagara, K. / Joseph, J.T. / Garcia-Perez, A. / Fernandez, J. / ...著者: Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, K.L. / White, J. / Shackleford, D.M. / Lafuente-Monasterio, M.J. / Rowland, P. / Manjalanagara, K. / Joseph, J.T. / Garcia-Perez, A. / Fernandez, J. / Gamo, F.J. / Waterson, D. / Burrows, J.N. / Palmer, M.J. / Charman, S.A. / Rathod, P.K. / Phillips, M.A.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6138
ポリマ－90,7722
非ポリマー1,8416
水8,449469
1
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3074
ポリマ－45,3861
非ポリマー9213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3074
ポリマ－45,3861
非ポリマー9213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.730, 162.950, 64.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 45385.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFF0160c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-F1T / 3,6-dimethyl-~{N}-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-[1,2]oxazolo[5,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 308.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11F3N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24% PEG 3350, 100 mM potassium fluoride, 100 mM MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→163 Å / Num. obs: 35930 / % possible obs: 46.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 34.05 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.29 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1795 / CC1/2: 0.631 / % possible all: 6.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
autoPROCデータ収集
STARANISOデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.99→21.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.349 / SU Rfree Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.224
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1796 5.01 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.165 35879 46.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.672 Å20 Å2-6.0892 Å2
2--3.0614 Å20 Å2
3----4.7334 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→21.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5891 0 128 469 6488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016125HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.188263HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2193SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes968HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6125HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.48
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion808SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7481SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1026 -11.11 %
Rwork0.255 --
all0.2368 18 -
obs--0.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.254-0.30051.04371.03030.49094.04040.12550.1962-0.55020.0808-0.05740.01480.53750.1567-0.0681-0.1186-0.0148-0.0683-0.20540.0084-0.204311.9162-2.83836.6427
22.148-0.36050.41921.5759-0.09664.2685-0.172-0.02410.47150.0216-0.07280.0277-0.9761-0.40180.2448-0.05020.0728-0.1771-0.2016-0.0645-0.19616.448123.519543.4077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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