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万見
- PDB-6gil: NMR structure of temporin B in SDS micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gil
タイトルNMR structure of temporin B in SDS micelles
要素Temporin-B
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / AMP / temporin B
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / regulation of defense response to virus / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / 自然免疫系 / lipid binding / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Frog antimicrobial peptide, propeptide / Frog skin active peptide family signal and propeptide
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rana temporaria (ヨーロッパアカガエル)
手法溶液NMR / simulated annealing / distance geometry
データ登録者Manzo, G. / Mason, J.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Minor sequence modifications in temporin B cause drastic changes in antibacterial potency and selectivity by fundamentally altering membrane activity.
著者: Manzo, G. / Ferguson, P.M. / Gustilo, V.B. / Hind, C.K. / Clifford, M. / Bui, T.T. / Drake, A.F. / Atkinson, R.A. / Sutton, J.M. / Batoni, G. / Lorenz, C.D. / Phoenix, D.A. / Mason, A.J.
履歴
登録2018年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_representative
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Temporin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3941
ポリマ－1,3941
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1440 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Temporin-B


分子量: 1393.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Temporin B is an antimicrobial peptide derived from Rana temporaria
由来: (合成) Rana temporaria (ヨーロッパアカガエル)
参照: UniProt: P79874*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 100 mM U-98% 2H deuterated sodium dodecyl sulphate, 2 mM temporin B, 0.05 % w/w 2H 3-(trimethylsilyl)propionic-2,2,3,3-d4 acid, 90% H2O/10% D2O
詳細: Peptide was dissolved in a solution of SDS micelles in L/P ratio of 50
Label: TB_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMdeuterated sodium dodecyl sulphateU-98% 2H1
2 mMtemporin Bnatural abundance1
0.05 % w/w3-(trimethylsilyl)propionic-2,2,3,3-d4 acid2H1
試料状態イオン強度: no salts Not defined / Label: TB_conditions / pH: 7.00 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYNAMODelaglio and Kuszewski精密化
DYNAMODelaglio and Kuszewskistructure calculation
CARA1.9.1.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
distance geometry2
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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