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- PDB-6ghw: Substituting the prolines of 4-oxalocrotonate tautomerase with no... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ghw
タイトルSubstituting the prolines of 4-oxalocrotonate tautomerase with non-canonical analogue (2S)-3,4-dehydroproline
要素2-hydroxymuconate tautomerase
キーワードISOMERASE / non-canonical amino acid / (2S)-3 / 4-dehydroproline
機能・相同性
機能・相同性情報


xylene catabolic process / 2-hydroxymuconate tautomerase / toluene catabolic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
4-oxalocrotonate tautomerase, Pseudomonas-type / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-hydroxymuconate tautomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pavkov-Keller, T. / Lukesch, M.S. / Wiltschi, B. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund901 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Substituting the catalytic proline of 4-oxalocrotonate tautomerase with non-canonical analogues reveals a finely tuned catalytic system.
著者: Lukesch, M.S. / Pavkov-Keller, T. / Gruber, K. / Zangger, K. / Wiltschi, B.
履歴
登録2018年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxymuconate tautomerase
B: 2-hydroxymuconate tautomerase
C: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4944
ポリマ－20,4533
非ポリマー401
水1,22568
1
A: 2-hydroxymuconate tautomerase
B: 2-hydroxymuconate tautomerase

A: 2-hydroxymuconate tautomerase
B: 2-hydroxymuconate tautomerase

A: 2-hydroxymuconate tautomerase
B: 2-hydroxymuconate tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9076
ポリマ－40,9076
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area12950 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
2
C: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,14712
ポリマ－40,9076
非ポリマー2406
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area12670 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area12990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.296, 85.296, 155.463
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-117-

HOH

21B-115-

HOH

31B-120-

HOH

41C-217-

HOH

51C-220-

HOH

61C-221-

HOH

71C-226-

HOH

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要素

#1: タンパク質 2-hydroxymuconate tautomerase / 4-oxalocrotonate tautomerase / 4-OT


分子量: 6817.809 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: xylH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01468, 2-hydroxymuconate tautomerase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 88% of 1-45 Morpheus condition (0.12M Alcohols, 0.1M Tris (base), BICINE pH 8.5, 50% v/v Precipitant mix composed of 40% v/v PEG 500 MME; 20 % w/v PEG 20000). protein concentration 6 mg/ml n ...詳細: 88% of 1-45 Morpheus condition (0.12M Alcohols, 0.1M Tris (base), BICINE pH 8.5, 50% v/v Precipitant mix composed of 40% v/v PEG 500 MME; 20 % w/v PEG 20000). protein concentration 6 mg/ml n 0.1M PCTP buffer pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35.98 Å / Num. obs: 9550 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 27.37 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.114 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Num. unique obs: 764 / CC1/2: 0.62 / Rpim(I) all: 0.405 / Rrim(I) all: 0.68 / % possible all: 78.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4x19

4x19


解像度: 2.3→35.934 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36
詳細: Only 3 molecules could be build in the electron density. The fourth molecule can be seen but the density is interupted and not clearly defined (probably several conformations of this molecule ...詳細: Only 3 molecules could be build in the electron density. The fourth molecule can be seen but the density is interupted and not clearly defined (probably several conformations of this molecule - that with symmetry forms one of the hexamers). Therefore, we omitted the molecule 4 from the refinement. This also has a direct relation on higher Rfactors.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3197 495 5.18 %
Rwork0.288 --
obs0.2897 9551 96.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1299 0 1 68 1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3381758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1.899801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2999-2.53130.38621100.31822061X-RAY DIFFRACTION89
2.5313-2.89740.32881190.29632313X-RAY DIFFRACTION99
2.8974-3.64990.31391320.28322310X-RAY DIFFRACTION99
3.6499-35.93840.30331340.27922372X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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