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万見
- PDB-6ghp: 14-3-3sigma in complex with a TASK3 peptide stabilized by semi-sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ghp
タイトル14-3-3sigma in complex with a TASK3 peptide stabilized by semi-synthetic natural product FC-NAc
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Potassium channel subfamily K member 9
キーワードSIGNALING PROTEIN / Potassium channel / natural product / PPI / stabilizer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of aldosterone secretion / regulation of action potential firing rate / TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / outward rectifier potassium channel activity / cellular response to acidic pH / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity ...negative regulation of aldosterone secretion / regulation of action potential firing rate / TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / outward rectifier potassium channel activity / cellular response to acidic pH / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / sodium channel activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / potassium ion import across plasma membrane / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / potassium channel activity / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / visual perception / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / potassium ion transport / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / synaptic vesicle / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / mitochondrial inner membrane / cadherin binding / protein heterodimerization activity / dendrite / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel subfamily K member 9 / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Potassium channel domain / Ion channel / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site ...Potassium channel subfamily K member 9 / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Potassium channel domain / Ion channel / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EZ5 / 14-3-3 protein sigma / Potassium channel subfamily K member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Andrei, S.A. / de Vink, P.J. / Brunsveld, L. / Ottmann, C. / Higuchi, Y.
資金援助 オランダ, 日本, 4件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific ResearchECHO -STIP 717.014.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific ResearchGravity program 024.001.035 オランダ
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI Grant JP 16K21138 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)Platform Project for Supporting Drug Discovery and Life Science Research 日本
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Rationally Designed Semisynthetic Natural Product Analogues for Stabilization of 14-3-3 Protein-Protein Interactions.
著者: Andrei, S.A. / de Vink, P. / Sijbesma, E. / Han, L. / Brunsveld, L. / Kato, N. / Ottmann, C. / Higuchi, Y.
履歴
登録2018年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Potassium channel subfamily K member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1616
ポリマ－27,4422
非ポリマー7194
水4,396244
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Potassium channel subfamily K member 9
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Potassium channel subfamily K member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,32212
ポリマ－54,8844
非ポリマー1,4388
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.453, 111.473, 63.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Potassium channel subfamily K member 9 / Acid-sensitive potassium channel protein TASK-3 / TWIK-related acid-sensitive K(+) channel 3 / Two ...Acid-sensitive potassium channel protein TASK-3 / TWIK-related acid-sensitive K(+) channel 3 / Two pore potassium channel KT3.2 / Two pore K(+) channel KT3.2


分子量: 882.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Phosphorylated C-terminal 6-mer of potassium channel TASK3
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPC2

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非ポリマー , 4種, 248分子

#3: 化合物 ChemComp-EZ5 / ~{N}-[(2~{S})-2-[(1~{E},3~{R},4~{S},8~{R},9~{R},10~{R},11~{S},14~{S})-14-(methoxymethyl)-3,10-dimethyl-8-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(2-methylbut-3-en-2-yloxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,9-bis(oxidanyl)-6-tricyclo[9.3.0.0^{3,7}]tetradeca-1,6-dienyl]propyl]ethanamide


分子量: 637.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H55NO10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.095 M HEPES, pH 7.1, 26% v/v PEG400, 0.19 M CaCl2, 5% v/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.92 Å / Num. obs: 21097 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 21.43 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 141126 / Scaling rejects: 50
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-26.90.984939513640.7560.41.064289.6
8.94-45.924.80.02511932490.9990.0120.0284293.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.2 Å34.61 Å
Translation5.2 Å34.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→34.606 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 1037 4.92 %
Rwork0.1811 20049 -
obs0.1835 21086 96.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.44 Å2 / Biso mean: 34.2979 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→34.606 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1818 0 103 244 2165
Biso mean--47.04 41.26 -
残基数----229
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.05280.33621700.25292609277990
2.0528-2.18140.25041200.20052763288394
2.1814-2.34980.21311300.17182868299898
2.3498-2.58620.22411500.17382887303798
2.5862-2.96030.24881490.17892909305899
2.9603-3.72890.20121450.16582964310999
3.7289-34.61180.22491730.18053049322299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.27340.65071.33562.9931-0.31873.01670.0336-0.0321-0.0381-0.2087-0.0030.152-0.0371-0.0348-0.0260.09280.0196-0.04340.11860.00060.1412-32.7212-12.4079-8.3797
20.9234-0.1536-0.10734.87272.56922.9204-0.001-0.0312-0.06880.30130.05480.12210.1773-0.0275-0.05460.10010.0352-0.01470.13820.03050.115-29.8908-9.42798.7619
32.90820.21811.73294.2987-1.21871.83370.0123-0.2736-0.52330.55460.14640.42160.234-0.0158-0.03450.22690.0410.0080.1630.0680.2044-26.9508-23.298813.0467
43.7742-2.657-0.5063.4619-1.30841.5615-0.0553-0.0033-0.225-0.043-0.07240.05260.20440.21090.15620.20410.0486-0.04490.21140.03050.2431-12.7539-25.570713.0652
51.6729-0.88381.2521.4693-1.78142.2612-0.2693-0.02580.18290.69010.00120.1684-0.4432-0.39580.31651.5950.49540.05010.7025-0.58440.2692-10.2017-28.3701-5.3906
64.61910.10611.11947.50223.90592.56170.35710.3922-0.21-0.10390.0659-0.8895-0.33440.6162-0.4620.16610.0235-0.0520.27150.00960.3256-7.6199-19.00858.9426
72.83753.87150.0967.23623.51916.0041-0.18550.28750.32290.0754-0.0628-0.3523-0.3436-0.02680.09860.18070.0464-0.08850.21570.01110.2667-15.709-12.645711.0987
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 32 )A-4 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 113 )A33 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 114 through 161 )A114 - 161
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 162 through 207 )A162 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 208 through 212 )A208 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 213 through 231 )A213 - 231
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'P' and (resid 370 through 374 )P370 - 374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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