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- PDB-6ghb: Crystal structure of Spx in complex with YjbH (oxidized) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ghb
タイトルCrystal structure of Spx in complex with YjbH (oxidized)
要素
  • Regulatory protein Spx
  • UPF0413 protein GK0824
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Regulatory protein spx Adaptor protein YjbH
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ClpXP adapter protein SpxH / チオレドキシン / Global transcriptional regulator Spx / Transcriptional regulator Spx/MgsR / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...ClpXP adapter protein SpxH / チオレドキシン / Global transcriptional regulator Spx / Transcriptional regulator Spx/MgsR / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Global transcriptional regulator Spx / ClpXP adapter protein SpxH
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.104 Å
データ登録者Awad, W. / Logan, D.T. / von Wachenfeldt, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for YjbH Adaptor-Mediated Recognition of Transcription Factor Spx.
著者: Awad, W. / Al-Eryani, Y. / Ekstrom, S. / Logan, D.T. / von Wachenfeldt, C.
履歴
登録2018年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein Spx
B: UPF0413 protein GK0824
C: Regulatory protein Spx
D: UPF0413 protein GK0824
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7606
ポリマ－98,7114
非ポリマー492
水23413
1
A: Regulatory protein Spx
B: UPF0413 protein GK0824
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3803
ポリマ－49,3562
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA
2
C: Regulatory protein Spx
D: UPF0413 protein GK0824
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3803
ポリマ－49,3562
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.596, 88.704, 117.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein Spx


分子量: 15638.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: spxA, yjbD, BSU11500 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: O31602
#2: タンパク質 UPF0413 protein GK0824


分子量: 33716.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア)
株: HTA426 / 遺伝子: GK0824 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q5L1S1
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Na-HEPES pH 7.5, MgCl2 and PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.429 Å / Num. obs: 16640 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 10.97
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 1613 / CC1/2: 0.609 / % possible all: 98.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: 000)精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.104→48.429 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 28.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 3056 9.89 %
Rwork0.2216 --
obs0.226 16640 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.104→48.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6140 0 2 13 6155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1078522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2573836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061091
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1043-3.15280.38181280.34841254X-RAY DIFFRACTION96
3.1528-3.20450.34191320.35251264X-RAY DIFFRACTION100
3.2045-3.25970.36571310.31861267X-RAY DIFFRACTION99
3.2597-3.3190.33961450.32621278X-RAY DIFFRACTION100
3.319-3.38280.35761480.29941262X-RAY DIFFRACTION100
3.3828-3.45180.29061330.27771290X-RAY DIFFRACTION100
3.4518-3.52690.34191550.27861278X-RAY DIFFRACTION100
3.5269-3.60890.35331210.25461251X-RAY DIFFRACTION100
3.6089-3.69910.28641510.24091317X-RAY DIFFRACTION100
3.6991-3.79910.28411320.22711244X-RAY DIFFRACTION100
3.7991-3.91080.28031410.22511272X-RAY DIFFRACTION99
3.9108-4.0370.31271390.21281280X-RAY DIFFRACTION100
4.037-4.18120.24831360.20791264X-RAY DIFFRACTION99
4.1812-4.34850.25881480.20251257X-RAY DIFFRACTION99
4.3485-4.54630.21611260.18591276X-RAY DIFFRACTION99
4.5463-4.78580.2161530.16621258X-RAY DIFFRACTION99
4.7858-5.08530.19941230.17321272X-RAY DIFFRACTION99
5.0853-5.47750.23961450.19971278X-RAY DIFFRACTION99
5.4775-6.02780.28011390.19771246X-RAY DIFFRACTION99
6.0278-6.89790.24181380.21661271X-RAY DIFFRACTION99
6.8979-8.68240.2311330.18751270X-RAY DIFFRACTION99
8.6824-48.43480.20621590.18341197X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4037-1.6499-2.74894.89510.75398.95610.0068-1.10570.22771.1807-0.1966-0.35550.26121.02360.01020.7515-0.1238-0.10471.07820.16860.3306108.68433.9709-57.0972
23.6408-2.4171-2.7934.18811.68167.8071-0.2412-0.7171-0.11450.2212-0.0086-0.2166-0.57490.98870.26050.68-0.0088-0.16760.6840.13510.5027107.09892.8447-54.0225
38.23040.7287-3.5544.04370.54177.95790.00681.3314-0.17860.02430.0917-0.530.10140.96240.0020.7586-0.03780.07320.7942-0.04620.3427111.04114.6612-70.6742
41.88110.48480.22993.2422-1.55440.8509-0.502-0.14930.27020.06480.39080.444-0.7481-0.26150.0531.40350.038-0.27640.73740.14180.7629107.294417.0802-67.3269
54.2895-1.1929-5.08663.41012.09366.15760.60840.02230.83080.40811.4586-0.9164-0.03781.1334-2.02320.8064-0.19910.01310.8197-0.15890.8512116.572121.0993-68.6698
65.23032.2288-6.63447.1328-4.01338.61480.07480.0421-0.92150.7065-0.868-0.8691-1.01671.3620.42290.7155-0.3529-0.07790.6775-0.05560.6595120.040411.9659-71.0518
76.51135.5946-7.04539.6838-4.53528.17571.1759-0.7908-0.22580.7240.37320.2268-2.22310.6925-1.12471.246-0.3755-0.18370.89950.14180.5162113.31314.3954-60.5852
82.05663.0032-2.95273.1215-1.53988.65570.35921.6364-1.23360.51110.1967-0.2964-0.5213-0.0019-0.11980.5403-0.11670.05680.65110.10770.3926100.90875.6681-62.1996
98.88022.3324-4.11726.38992.1189.60070.65591.34011.38981.11150.24520.6724-1.4928-1.4759-0.67630.7757-0.07840.18950.52160.36170.479593.59526.5779-57.9283
108.03840.88018.20515.47110.72098.75480.15-1.3259-1.2347-0.1450.20480.3601-0.1618-0.33-0.05750.5689-0.06490.19430.76230.06530.440682.6646-4.4792-68.1617
116.695-3.4844-2.12577.87962.07664.5049-0.1364-0.29460.05940.0748-0.02480.1899-0.0913-0.10230.01680.2188-0.09180.04520.4482-0.0160.251890.58536.6869-79.3974
121.8388-1.8169-0.69326.58042.5077.916-0.19090.9787-1.2238-0.30490.3460.07140.78470.2406-0.17640.5301-0.11790.0760.816-0.29620.721594.3516-6.2276-96.1901
135.35670.87590.75465.5872-0.24915.5516-0.41710.2584-0.2821-0.43390.7658-0.45240.08991.0276-0.32130.4114-0.02930.04880.7632-0.12170.2942106.27052.1127-85.2723
144.6991.1489-1.94034.3791-0.73055.0419-0.09220.63020.417-0.37870.18410.5139-0.3977-0.54780.01180.2885-0.0366-0.09850.3822-0.06560.311386.720811.9501-86.5342
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165.4681-1.5985-1.49713.8165-0.04895.78580.2832-1.7969-0.12540.9197-0.3095-0.2707-0.34281.1256-0.06580.7601-0.1865-0.07821.13070.13960.4282107.299445.9915-2.3735
175.6778-0.52071.45456.45991.31712.50720.4653-0.2305-1.6941.5012-0.00020.42930.86090.4387-0.23010.77060.0786-0.07440.3083-0.08470.4527112.203846.7662-19.0056
185.34852.23542.3864.6455-0.45354.10430.50651.38811.18910.79160.42641.6512-1.7349-0.2386-0.94510.86030.15450.1611.34070.27680.4743106.182156.3838-18.9108
196.23845.4391-1.71022.0003-4.11341.99150.7932-1.21791.17842.5389-0.09690.1094-2.8017-0.3492-0.80481.3066-0.13050.11790.7115-0.03710.6162117.568765.7845-11.7257
203.99244.5677-1.51069.7253-4.37828.76360.3176-0.23920.76260.71140.2824-0.4559-0.7711-0.2323-0.64550.3684-0.03770.04250.7126-0.10650.5132117.624257.5677-17.4988
216.10252.874.19835.57081.13842.9940.24760.6044-0.1221-0.1940.01080.0536-0.4387-0.2906-0.25850.6001-0.06950.13530.9515-0.02010.33894.10746.4519-11.4115
225.3645-2.7742-2.6055.2632-0.78457.4167-0.33080.4369-0.11710.2765-0.05910.185-0.53520.63590.27750.3446-0.10570.00210.62640.02070.325690.765649.8661-27.5199
233.98030.6682-1.71360.7802-2.08247.5532-1.1671.153-1.5471-0.0438-1.2068-0.04171.7541-0.03911.0620.6614-0.1517-0.18211.5619-0.54330.479594.632534.6741-44.4862
246.01471.3515-1.0533.77310.52165.2318-0.1240.4515-0.5929-0.08320.1304-0.0808-0.10120.0986-0.02310.35030-0.04640.5005-0.02870.2843100.624843.4628-30.2956
254.81070.3431-1.14264.84191.42333.8394-0.08741.20160.7318-0.8863-0.16260.3655-0.9217-0.50150.23710.51840.0748-0.14280.99180.06310.516187.582958.5478-40.3887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 10 )
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21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 94 through 122 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 21 through 63 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 64 through 108 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 109 through 215 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 216 through 292 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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