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- PDB-6gh8: Crystal structure of GP1 domain of Lujo virus in complex with the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gh8
タイトルCrystal structure of GP1 domain of Lujo virus in complex with the first CUB domain of neuropilin-2
要素
  • Glycoprotein
  • Neuropilin-2
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral Glycoprotein / receptor recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus ...vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / NrCAM interactions / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / vascular endothelial growth factor receptor activity / outflow tract septum morphogenesis / nerve development / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / regulation of postsynapse organization / negative chemotaxis / cytokine binding / growth factor binding / semaphorin-plexin signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / cellular response to leukemia inhibitory factor / axon guidance / heparin binding / signaling receptor activity / host cell Golgi apparatus / angiogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / axon / viral envelope / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spermadhesin, CUB domain / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / : / MAM domain, meprin/A5/mu ...Spermadhesin, CUB domain / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / : / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein / Neuropilin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Lujo mammarenavirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Cohen-Dvashi, H. / Kilimnik, I. / Diskin, R.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Structural basis for receptor recognition by Lujo virus.
著者: Cohen-Dvashi, H. / Kilimnik, I. / Diskin, R.
履歴
登録2018年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Glycoprotein
A: Neuropilin-2
B: Glycoprotein
C: Neuropilin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6179
ポリマ－61,8734
非ポリマー7445
水73941
1
D: Glycoprotein
A: Neuropilin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1984
ポリマ－30,9362
非ポリマー2612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoprotein
C: Neuropilin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4195
ポリマ－30,9362
非ポリマー4823
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.808, 59.294, 83.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein


分子量: 16021.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lujo mammarenavirus (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C5ILC1
#2: タンパク質 Neuropilin-2 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor 2


分子量: 14914.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP2, VEGF165R2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O60462
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.03M glycyl-glycyl-glycine, 25.9% PEG 6000, 0.09M Bis-Tris Propane pH 9.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→72.08 Å / Num. obs: 27109 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.44→2.5 Å / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.497 / Rrim(I) all: 1.241 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2871: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2qqk

2qqk


解像度: 2.44→71.996 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 40.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3115 1339 4.96 %
Rwork0.2656 --
obs0.2679 26973 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→71.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3716 0 44 41 3801
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043865
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8725242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.9841446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005688
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4326-2.51950.471190.44632392X-RAY DIFFRACTION94
2.5195-2.62040.41251150.40052551X-RAY DIFFRACTION100
2.6204-2.73960.4211270.37342560X-RAY DIFFRACTION100
2.7396-2.88410.40681200.3532551X-RAY DIFFRACTION100
2.8841-3.06480.36051420.33062521X-RAY DIFFRACTION99
3.0648-3.30140.36721550.32852549X-RAY DIFFRACTION99
3.3014-3.63370.30661330.25532564X-RAY DIFFRACTION100
3.6337-4.15940.29311370.23442573X-RAY DIFFRACTION100
4.1594-5.24020.23271420.19162613X-RAY DIFFRACTION100
5.2402-72.02750.28751490.22532760X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.97383.2308-4.44916.3631-1.74664.33820.2159-1.2248-0.7084-0.5986-0.6681-0.90011.48222.11340.85571.57660.184-0.26051.05640.10440.856194.4857-8.901370.3715
23.5988-4.92814.22346.9815-5.89094.9934-0.35990.3611-1.46481.07030.734-1.3913-0.77751.3259-1.09140.8620.0752-0.13070.5559-0.19730.944992.3598-5.987360.8504
34.7823.89671.71773.77283.46687.82520.402-0.7285-0.1966-1.618-0.1837-3.0525-0.15580.1596-0.44190.56130.12930.14630.53730.01530.818596.0565-10.517847.0788
46.53351.16194.17136.24644.80638.41161.0071-0.8375-0.59211.79430.6986-1.16232.40570.1791-1.45541.17160.277-0.10710.64260.03031.001497.792-23.460954.7538
52.4083-0.5051.82184.31784.22316.8687-0.6701-0.7855-1.52851.66431.0415-0.03792.23650.3355-0.48261.28570.1559-0.03880.61210.13010.50688.3647-19.797960.6167
65.2639-4.83162.2894.4347-2.37099.5440.5460.3895-0.6410.4856-0.5377-0.33210.4381-0.94020.18780.9205-0.11050.02320.419-0.1230.73182.3974-14.559547.9804
74.1223-2.56595.47444.2013-2.55647.5421-0.1175-0.23160.21830.80750.3055-0.7493-0.38750.8781-0.15740.72480.0491-0.11830.69010.03150.947699.7627-14.199253.3715
84.7557-4.93395.61595.3018-6.07137.5912-0.38580.4068-0.04070.6173-0.3429-0.73180.97180.67940.7580.77540.10530.07970.38520.04490.790990.8828-10.357752.838
93.5204-3.13322.58396.4078-1.2642.49330.0179-0.7114-0.78680.81050.25340.51521.0125-0.699-0.28260.64150.0740.09670.48280.00210.518278.9623-8.541956.007
104.83751.1744.90828.526-7.0032.0060.1319-1.24030.74010.24240.85860.8609-0.3975-1.19790.73431.08570.06990.16340.5094-0.34360.134982.7674-1.695258.1768
116.82030.8115-1.8778.3577-3.94234.40080.6835-0.6392-1.23210.19570.17240.2599-0.41941.051-0.34751.18960.0765-0.09240.34150.02040.61793.2904-6.767656.5867
127.6092-2.1999-4.42282.48411.41872.5754-1.63232.4886-3.1926-0.4317-0.1610.4578-0.8941.53981.82711.5315-0.3080.14361.3552-0.65031.1342100.3216-7.66470.1054
132.8637-0.4918-1.14453.45970.55384.3702-0.11680.59930.1058-1.1827-0.29410.0806-0.0153-0.27960.39361.0321-0.15480.00450.4245-0.16470.847679.0159-26.148718.7525
142.54-0.61251.75996.7008-1.73322.77430.32340.37060.1351-1.2065-0.20350.5170.28490.2228-0.10830.8195-0.01560.02820.4299-0.20070.67981.5336-21.216122.7129
153.566-1.13380.41087.23612.59637.7726-0.11880.16630.1415-0.77110.3302-0.59450.6420.5777-0.10220.6487-0.0510.10390.2655-0.06070.446687.7631-15.816929.9377
162.8824-0.13012.16216.8241-0.80637.1236-0.45170.4185-0.058-0.5890.1407-0.5762-0.29410.3850.52330.4821-0.13820.03890.3115-0.09230.487385.6982-15.950727.6603
174.029-3.92092.8787.3861-5.26483.73980.34040.6336-0.7462-0.34050.29691.3819-0.70410.0236-0.44981.0438-0.0414-0.02570.5071-0.16060.70274.7773-14.971416.4178
182.0865-1.4651-0.96664.7745-3.30454.64591.107-0.1869-0.322-0.698-0.33641.07132.0360.5632-0.08642.2065-0.1341-0.36441.0453-0.20040.873821.53723.743483.32
192.91851.60111.25071.46252.0793.9017-0.1031-0.06460.18461.4550.3179-0.20540.17550.34740.99311.9610.4891-0.48770.7041-0.30730.894720.962325.771374.4514
202.83971.47751.17264.5568-2.35124.62420.0477-0.6171.4418-0.47750.86121.11210.09210.4856-1.11891.10510.1348-0.11310.6711-0.07281.081824.560322.075359.7905
217.89363.0616-0.68992.9215-2.3474.8184-0.1923-1.36071.08272.11231.49870.77531.02510.4893-1.41921.38590.5982-0.20750.9695-0.01120.698525.70999.136567.6748
223.3083.42.64398.9792-3.06969.12310.68090.0285-0.4232.32160.40930.32211.87630.6114-0.44081.95650.0143-0.08420.6045-0.15790.511916.113812.714272.9667
237.6097-3.26522.7486.6404-1.09484.6022-0.2579-0.29871.0530.6580.292-1.13570.09460.2632-0.08621.21820.1712-0.12050.5173-0.14370.682518.516420.067363.6133
244.34910.09331.59373.88331.09473.6618-0.6379-0.72260.47730.8769-0.05480.4844-0.6556-0.6640.75641.63480.06130.0660.5459-0.06410.84567.059723.670170.0997
256.6902-3.24422.02949.2328-4.02271.8397-0.0986-0.56580.49380.84260.81340.11481.1119-0.0664-0.43891.45770.2016-0.09580.5792-0.28870.527415.949428.453769.8998
265.5521-1.1024-4.35634.5363.38685.29930.00920.0113-2.6101-1.35150.56120.87481.60840.9884-0.311.8871-0.2448-0.27561.2788-0.75531.614828.028624.712382.7778
273.7629-4.0548-0.0476.7428-3.4396.744-1.0272-0.83610.97822.6722-0.241-0.58490.12251.15110.13561.01590.1337-0.02520.46820.11260.710314.2267-1.115836.5264
288.7133-2.7503-0.62819.0176-2.76577.823-0.29690.74520.0256-1.79420.2740.57740.238-0.30440.10910.4483-0.1186-0.09230.2366-0.03320.44597.28459.395828.2223
293.81644.8811-1.16848.2352-4.52995.0110.41350.4030.31610.95640.89920.33580.61050.109-0.73650.44280.1397-0.3080.4124-0.11510.524310.8256.785246.7382
309.0958-1.30530.50089.3255-5.21519.14370.22920.5418-0.1376-0.0171-0.4768-0.34550.06850.381-0.09540.7522-0.0304-0.12840.2625-0.02410.535115.01348.831331.3129
318.8466-0.9327-3.03141.99056.62916.92810.53471.3163-0.5288-2.86550.38510.0964-0.6502-0.8813-0.75490.92070.0048-0.18380.55980.06820.61199.987917.851223.8253
329.0921-4.26722.08954.79-1.45386.2477-0.5695-0.76881.24150.78140.5828-0.5876-0.52590.01830.13350.46390.115-0.0910.3430.00160.574814.42317.331348.591
334.9286-4.70440.19184.7221-1.33716.0065-0.12230.8660.4935-0.1547-0.4027-1.50862.07921.680.48050.80320.1270.09980.6301-0.01190.611321.419215.648532.554
345.73013.4869-2.85728.3016-3.78893.43350.8082-0.13010.7551-0.84550.40731.22770.9010.5189-1.40750.94440.0135-0.03960.3304-0.00530.719719.796221.306836.8434
353.0754-0.84661.36125.9368-2.4982.9079-0.24850.4433-0.0748-0.59280.1637-0.4598-0.03580.07020.04830.6196-0.2301-0.02980.2552-0.14290.299513.777618.695535.2866
362.2015-1.5209-0.12435.1001-0.1663.27820.07850.10290.2367-0.04930.12340.0903-0.08220.3072-0.2330.5118-0.0813-0.050.2557-0.07260.45810.252913.702640.1416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 87 through 95 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 96 through 102 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 103 through 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 113 through 120 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 121 through 133 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 134 through 142 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 143 through 151 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 152 through 159 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 160 through 173 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 174 through 182 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 183 through 190 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 191 through 196 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 24 through 41 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 42 through 72 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 73 through 98 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 99 through 135 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 136 through 143 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 87 through 94 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 95 through 102 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 103 through 112 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 113 through 120 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 121 through 133 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 134 through 161 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 162 through 173 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 174 through 190 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 191 through 196 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 24 through 29 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 30 through 41 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 42 through 54 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 55 through 60 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 61 through 72 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 73 through 87 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'C' and (resid 88 through 98 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'C' and (resid 99 through 104 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'C' and (resid 105 through 124 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'C' and (resid 125 through 143 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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