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- PDB-6gfv: M tuberculosis LpqI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gfv
タイトルM tuberculosis LpqI
要素Probable conserved lipoprotein LpqI
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Peptidoglycan Mycobacterium GH3
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / cell wall organization / carbohydrate metabolic process / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-hexosaminidase LpqI
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Moynihan, P.J. / Lovering, A.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N011945/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The hydrolase LpqI primes mycobacterial peptidoglycan recycling.
著者: Moynihan, P.J. / Cadby, I.T. / Veerapen, N. / Jankute, M. / Crosatti, M. / Mukamolova, G.V. / Lovering, A.L. / Besra, G.S.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable conserved lipoprotein LpqI
B: Probable conserved lipoprotein LpqI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7522
ポリマ－70,7522
非ポリマー00
水11,440635
1
A: Probable conserved lipoprotein LpqI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3761
ポリマ－35,3761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable conserved lipoprotein LpqI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3761
ポリマ－35,3761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.821, 89.579, 87.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.540, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Probable conserved lipoprotein LpqI


分子量: 35375.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: lpqI, Rv0237 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: L7N6B0
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1M Sodium Malonate 0.1M Hepes 0.5% w/v Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→70.9 Å / Num. obs: 54634 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.58 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.96-2.0730.7092365879390.6120.4940.8691.4
6.2-70.883.70.052660817930.9930.0320.06113.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.1データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YYF

4yyf


解像度: 1.96→70.882 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 2736 5.02 %
Rwork0.2166 --
obs0.2191 54485 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.39 Å2 / Biso mean: 21.6744 Å2 / Biso min: 6.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→70.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 0 0 635 5603
Biso mean---30.64 -
残基数----686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1686926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.41862
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.96-1.99380.38321400.34172556269699
1.9938-2.03010.4011400.33872550269099
2.0301-2.06910.3481280.32332556268499
2.0691-2.11140.371350.30532592272799
2.1114-2.15730.37531140.29382564267899
2.1573-2.20740.30521510.2682559271099
2.2074-2.26270.33731330.269825622695100
2.2627-2.32380.3081370.254325892726100
2.3238-2.39220.2971520.24725772729100
2.3922-2.46940.26291360.239325602696100
2.4694-2.55770.34141510.23126142765100
2.5577-2.66010.29621350.225125602695100
2.6601-2.78120.2791370.23225952732100
2.7812-2.92780.29451230.220426112734100
2.9278-3.11130.23821220.21326222744100
3.1113-3.35150.2441250.192726042729100
3.3515-3.68870.21621480.161725922740100
3.6887-4.22240.20021340.153326352769100
4.2224-5.31960.18371540.14625832737100
5.3196-70.9280.22031410.177926682809100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17420.0953-0.14180.2449-0.10670.08510.1025-0.302-0.26010.40520.0363-0.11550.3189-0.21930.00960.2897-0.0118-0.04910.32340.03180.2293-73.5764-97.9655-16.656
20.3478-0.01070.23342.4948-0.42950.0564-0.0055-0.1196-0.1580.3085-0.0099-0.10610.02950.0243-0.04220.10080.0044-0.0120.18790.01710.2252-68.5069-109.1948-29.6874
30.29080.13680.11010.63970.2230.2283-0.05880.09980.0433-0.2811-0.0135-0.18540.1160.02410.00050.1718-0.03940.02840.2294-0.00810.1909-76.9896-104.2048-52.9159
40.2298-0.08250.18230.14790.0290.4343-0.0857-0.0009-0.04650.0507-0.0760.19040.2241-0.0727-0.07590.1148-0.009-0.02880.179-0.00090.2198-83.6521-107.1733-43.4727
50.98340.41920.24211.74690.08920.785-0.07730.15520.0576-0.26010.0487-0.1547-0.00620.0166-0.04930.1068-0.00730.03430.16110.00770.1741-71.8938-89.9141-47.8472
60.42990.3565-0.0641.2077-0.37210.8497-0.01280.04210.13290.1412-0.0779-0.4329-0.03920.1302-0.02080.0969-0.0156-0.02830.16150.00290.2646-63.2844-90.2205-34.2671
70.414-0.4130.04290.5318-0.35050.95710.0375-0.24650.06550.4298-0.0751-0.20880.02940.04540.00660.2041-0.0064-0.0430.2111-0.00310.2122-69.1099-92.0592-21.8828
80.339-0.1650.08830.6089-0.25950.5289-0.0113-0.140.0568-0.06920.01050.3266-0.1524-0.1992-0.00140.240.0097-0.03370.20820.00730.1903-51.1221-71.6402-64.8165
90.48090.08940.59250.9156-0.10590.7872-0.13250.0252-0.0169-0.39170.0422-0.0079-0.1872-0.0225-0.18360.3492-0.02010.02620.1492-0.00170.1468-39.0346-64.807-65.3184
100.7202-0.3543-0.08171.4601-0.29770.9885-0.12090.14520.2582-0.35960.0457-0.6049-0.20420.1793-0.19680.2403-0.07470.07710.2278-0.04070.24-22.071-69.3436-61.0895
110.6939-0.06590.71971.55240.09140.67480.08690.11020.0753-0.40850.0047-0.4412-0.04820.17490.04350.2461-0.00870.08540.1759-0.00750.155-25.3462-79.2012-65.7483
121.2881-0.15920.13110.62860.31130.4798-0.0050.1572-0.0641-0.34020.0102-0.04920.07540.1771-0.01610.3386-0.00740.00230.1677-0.00160.1201-31.4924-89.8466-72.7983
130.66780.0207-0.00511.09640.4760.75890.03910.131-0.061-0.4898-0.05480.1869-0.0881-0.0318-0.01620.3253-0.0029-0.04890.1779-0.00460.0997-44.1226-82.6816-73.1839
140.6241-0.3719-0.25090.5237-0.20680.45960.08810.04890.1976-0.0505-0.06470.45750.1353-0.1358-0.00350.1966-0.0307-0.02090.21090.010.2138-51.9413-82.7994-62.2669
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 46:67)A46 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 68:124)A68 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 125:157)A125 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 158:173)A158 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 174:282)A174 - 282
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 283:355)A283 - 355
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 356:388)A356 - 388
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 50:96)B50 - 96
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 97:131)B97 - 131
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 132:170)B132 - 170
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 171:228)B171 - 228
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 229:294)B229 - 294
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 295:358)B295 - 358
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 359:388)B359 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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